球会创立天水围飞马足球队成立于2008年，以千万巨型班的姿态进军香港甲组足球联赛，成为该季香港足球界的焦点。成立之初被传媒称为“南华二队”，因为有传球队由南华班主罗杰承出资筹组、其妻子梁芷珊是球会董事、球队的推广公司博美娱乐既是罗杰承旗下公司，加上有大量南华球员转投飞马，种种迹象令传言更为大众所默同。

创造奇蹟球队首场联赛以0－1不敌杰志。在第二场比赛以2－1击败康宏晨曦，取得创会以来首场胜仗。2008年10月8日首次于主场出战，对手是班霸南华。赛事吸引了2,500名球迷入场，见证球队首场主场比赛，以3－2胜出，可是因派出超额外援，被判飞马以0－3见负。自此之后，飞马知耻近乎勇，取得了8连胜及12场不败的佳绩，当中包括大胜“鱼腩部队”屯门普高8-0，并于高级组银牌中再一次击败南华，晋级决赛，于决赛更以3－0击败康宏晨曦，夺得球会史上首项锦标。其后飞马为腾出外援名额签入前日本国脚冈野雅行，与球队阵中的首席射手安杜解约。及后飞马接连晋级联赛杯以及足总杯决赛，惟分别被对手康宏晨曦及新界地产和富大埔击败，铩羽而归。

2009－10年度，飞马于参赛次季除获得联赛亚军外，于足总杯决赛中，凭着李康廉及伊达各建一功，以2－1击败公民，夺得冠军，并取得来季参与亚洲足协杯的参赛资格。赛后，南华体育会足主罗杰承宣布，天水围飞马门将叶鸿辉与后卫刘念溢转投南华。同时，门将李瀚灏已从大埔转会加盟天水围飞马。此外，于首季曾经投效的日籍前锋中村祐人，和愉园前锋高梵相告加盟天水围飞马。

球队近况飞马正为出战2011年亚洲足协杯组军，在季中和表现失準的前锋中村祐人解约，南华亦借出卡里祖予飞马，另外球队同时签下中华台北队长陈柏良。

2008年12月21日，香港天水围飞马队球员在领奖后合影。当日，在中国香港大球场举行的香港甲级足球银牌赛决赛中，香港天水围飞马队以3比0战胜香港康宏晨曦队,获得冠军。

飞马正为出战2011年亚洲足协杯组军，在季中和表现失準的前锋中村祐人解约，南华亦借出卡里祖予飞马，另外球队同时签下中华台北队长陈柏良。

元朗大球场

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元朗大球场是天水围飞马的主场球场，可以容纳4932名球迷入场观赏赛事。作为一支地区球队，天水围飞马希望于元朗大球场举办其主场赛事，以吸引元朗区居民入场支持球队。可是，由于球场的草地质素未如理想，于球队成立首季只能安排部分赛事于元朗上演。飞马首场的主场赛事于2008年10月8日举行，客队为香港班霸南华。赛事吸引了2500名球迷入场，见证球队首场主场比赛凭伊达、黄展鸿及安杜的进球，以3比2击败对手。可是，球队于赛事中违反外援名额限制，因此赛事被判飞马以0比3见负。

将军澳运动场

由于飞马在元朗大球场的主场未符合亚洲足协所定立的要求，因另一场地香港大球场为另一支亚洲赛的参赛球队南华足球队的主场，旺角大球场则未重建完成，故继上年大埔足球会后，成为第二支在将军澳运动场出战亚洲足协杯的球队。

飞马基地

飞马基地位于元朗沙江围305号，一幢楼高三层连花园天台的独立村屋，球会环境优美，花园铺上草地，围栏旁种满鲜花，会内设有球队办公室、会议室及球员宿舍，宿舍设施完备，更设有康乐设施供球员消闲。此外，赞助商PlayStation送给球会的两部PS3，提供足球游戏，使球员寓操练于娱乐。另由赞助商三菱提供印有飞马标誌的29座巴士及球会专用的客货车长期停泊于花园，使球员出入练波免除舟车劳顿，非常便利。

训练场地

在2009年4月1日的成绩发布会中，球会宣布于元朗锦田水头村地段耗资200万元兴建训练场地。球场早于2月动工，并于同年7月正式启用。该球场占地10,000平方米，工程分为两期进行。第一期项目包括真草足球场（ 连同去水系统 ）及更衣室（ 连同太阳能电源储备 ），除为飞马甲组及青训队伍提供练习场地，更提供场地予区内团体使用。第二期，则为兴建会址及宿舍等。