洪水过后有瘟疫的原因可能是人的抵抗力下降，也可能是因为气候原因。自然灾害引发的饥荒，饮用水匮乏等会造成人体免疫力下降，容易感染病菌，造成瘟疫或传染病的大面积爆发。

另外，我国的水灾多发生在夏季，降水较多的季节中空气流动性一般比较强，这就使病菌的传播途径广泛，传播速度快，更促使了瘟疫或者传染病的爆发。