1910年12月24日任海琛号巡洋舰帮带。辛亥年(1911年)10月武昌起义爆发后，“海琛”舰奉命开赴武昌江面，开炮轰击起义民军。由于当时起义席捲全国，驻汉口海军各舰官兵纷纷倾向革命，林永谟赞同举义，回响革命。11月12日，“海琛号巡洋舰”、“海筹号巡洋舰”、“海容号巡洋舰”三舰官兵宣布起义。

1912年2月林被任命为“海琛”舰舰长，率舰参加北伐舰队。同年12月30日被民国北京政府授为海军上校。1913年7月12日给予四等文虎章。1914年5月25日晋升海军少将并晋给三等文虎章，9月28日给予四等嘉禾章。1915年12月23日被袁世凯策封为一等轻车都尉。1916年10月9日晋给三等嘉禾章。1917年4月25日任肇和号巡洋舰舰长，时护法军兴，因与南下舰队失去联络，未能参加护法义举。1918年1月7日给予四等宝光嘉禾勋章，5月率“肇和”舰接送闽督李厚基逃离厦门，藉机率舰驶抵广东虎

门，参加护法。同年5月20日转任海圻号巡洋舰舰长，8月26日被军政府任命为海军部参事。1919年7月7日军政府给予二等文虎章。1920年1月5日被军政府加海军中将衔，11月2日任军政府海军舰队司令兼署海军总司令。1921年5月5日任海军部次长，协助总长汤廷光统率海军舰队。由于林永谟长期居高位不谋政，纵容闽派头目阻挠北伐大计，1922年4月27日被孙中山解职，改任总统府顾问。陈炯明兵变后，林永谟离开广州返回福建。1925年8月18日被北京政府委派为福建海关监督。1927年3月14日任军事委员会参事处长。1930年2月24日任国民政府海军部少将参事。1936年12月25日林永谟在南京与友人作竹林戏时，突发脑溢血，猝然逝世。