全国动物卫生风险评估专家委员会由农业部负责组建和管理。主要职责：（1）制订全国动物卫生风险评估规划和计画，提出动物卫生风险评估的方针、政策及技术措施建议；（2）审定动物卫生风险评估準则、指南等规範性技术档案；（3）负责重大动物疫病、外来动物疫病和新发动物疫病的风险评估工作；（4）负责动物卫生状况、动物及动物产品卫生安全水平等风险评估工作，审议有关动物卫生风险评估报告；（5）研究评估世界动物卫生组织（OIE）、联合国粮农组织（FAO）和世界贸易组织（WTO）相关动物卫生风险评估标準、準则，并提出对策建议；（6）开展动物卫生风险评估科学研究、学术交流与国际合作工作；（7）负责全国动物卫生风险评估技术指导和培训工作；（8）审议修订委员会章程，审查委员会的工作报告；（9）审核委员会经费预算及决算；（10）完成农业部交办的其他有关事项。

委员会下设办公室，办公室为委员会的常设办事机构，设在中国动物卫生与流行病学中心。