南京市汉西门清真寺约创建于明天启、崇越年间。

南京市汉西门清真寺于太平天国时期毁废。清同治年间（1862—1874年）复建简易房屋，恢复礼拜。

该寺曾设立私立崇穆国小。寺内及国小费用，部分来自马廷树在夫子店购置房地产出租所得之租金。1918年马氏以汉西门清真寺为首坊，成立南京市清真寺董事会，马廷树被公举为会长，领导全市清真寺教务、寺产和回族公益事业。1924年马延树逝世，董事会也渐次衰落，后更董事会为“道圣堂”、该寺着名教长有马真吾、袁盛之、马进益、袁汝涛等。寺在“文革”中被拆除，现尚未完全恢复。

汉西门清真寺占地面积约为4.2亩，大殿面积为320平方米，高约8米。

汉西门清真寺为中国古典房殿式建筑，但围墙与门窗系阿拉伯式，设计大胆，结构紧凑。

马延树（榕轩）集资重建大殿。后又续建牌坊、望月楼、净水堂、讲经堂、宿舍等房屋。

南京市汉西门清真寺位于江苏省南京市堂子街汉西门。