据传该寺始建于明末（1643年，癸末，明崇祯十六年），距今已300百余年，寺内现存有三座古碑，一为嘉庆十一年（1806年）立；一为道光2年（1822年）立；一为宣统元年（1909年）立，镶嵌在大殿两侧，分别记述修寺的经过及捐资者的姓名、数额。解放时原有水亩20亩，房产8间，作为固定经济来源。50年代关闭，1983年重新开放。团结镇清真寺在2000年4月至2001年11月1年多的时间里又进行全面、彻底的修复工作。

现占地面积为2000多平方米，建筑面积由原来几百平方米扩建到现在的1054平方米，新修了18米高美观大方的宣礼塔一座。大殿周围新添了两面雕花的石栏桿。经油饰彩绘，显得光彩辉煌，十分气派。

来自巴基斯坦、英国、印度等国家的穆斯林外宾也常来参观。寺内曾办过国小。历任管理人员为，在嘉庆年间，由张大福、张国土等人；1983年重新开放以来，由马利华、马宝卿、张德才等人管理，历任阿訇。有马恆顺、马俊卿、伍阿訇、江伯余，1994年至今由西昌市马如松阿訇主持教务。

郫县团结清真寺地址位于郫县团结镇永定村。