与厦门大学签订的协定中，双方决定，将根据实验区发展需要，在课题研究、高端人才培养、举办两岸论坛和服务产业发展等方面开展战略合作。同时，在实验区共同规划、建设厦门大学海峡两岸发展研究院。该研究院将作为从事两岸关係研究的高端人才培养基地，为实验区培养输送博士、硕士研究生；作为高水平研究基地，为实验区提供高质量的决策谘询服务；作为科技成果转化基地，促进高新科技成果在实验区实现转化和产业化；作为高层次的两岸交流合作基地，为实验区开展两岸教育、文化、科技、经贸交流合作提供有力支持。