《马达加斯加3》讲述4位主角随着“马戏团”週游欧洲的故事。四个好伙伴逃出非洲后，他们便迫切想要回到纽约。按照惯例企鹅和猴子是要出马帮忙的，并且按照惯例它们也是会把整个计画搞黄的，所以按照惯例四个好兄弟们又一次发现自己错误地降落在了错误的地方—蒙特卡洛。他们的到来惊动了当地的动物管制中心，经过几个回合的拚死搏斗之后，动物们加入了一个欧洲巡演马戏团寻求保护。游戏讲诉的就是他们在马戏团大战警察的故事。