9岁随中央音乐学院王永新教授学长笛；1993年任中央广播交响乐团、北京电影乐团长笛、短笛演奏员；次年考入北京电影学院录音专业，师从甄招老师。

1992年起他师从中央音乐学院指挥系主任徐新教授学指挥。1997年高健被上海音乐学院作曲指挥系与音乐音响导演系同时录取。

高健对室内乐情有独钟，进入上音便筹建学校的室内乐团。1999年11月9日重组的上音青年交响乐团室内乐团亮相。

2003年至2004年任上海广播交响乐团常任指挥。

2004年他随谭盾在中国几个城市巡演谭盾的作品《地图》。

2011年，高健联袂旅美女中音歌唱家杨光和上海歌剧院男高音歌唱家韩蓬，以一场马勒《大地之歌》室内乐版音乐会，为第六届上海音乐学院研究生艺术节收尾。

2013年9月应阿尔及利亚文化部邀请，随浙江交响乐团到访阿尔及尔参加第五届阿尔及尔国际交响乐音乐节。连续演奏了莫扎特的弦乐合奏《G大调弦乐小夜曲》第一乐章、小提琴独奏《中国花鼓》、管弦乐《野蜂飞舞》、《蓝绒鞋》以及女高音独唱，普契尼的《亲爱的爸爸》等9首世界经典乐曲。