前身：东京科学博物馆

专业领域：自然科学

年运营费：3,516,236,000日元（06年度）

占地面积：70,514平方米（含分馆）

研究职员：79人

开馆：1926年11月2日（开馆仪式举行日）、1877年1月（设立日）

1871年10月 - 作为文部省科学博物局的参观设施在汤岛圣堂内开设博物馆

1875年4月 - 改称为“东京博物馆”

1877年1月 - 在上野山的西四轩寺旧址（现东京艺术大学）建造的新馆竣工，命名为“教育博物馆”

1889年7月 - 教育博物馆作为高等师範学校的附属机构，转移至毗邻高等师範学校的汤岛圣堂内

1914年6月 - 从东京高等师範学校中独立出来，改称“东京教育博物馆”

1930年12月 - 上野新馆（现本馆）落成

1931年2月 - 改称为“东京科学博物馆”

1949年6月 - 根据文部省设定法开设“国立科学博物馆”

1962年4月 - 合併位于白金台的国立自然教育园，并将其改称为“附属自然教育园”

1972年3月 - 新宿区分馆落成

1983年12月 - 筑波实验植物园开园

1994年6月 - 开设筑波研究资料中心

1998年2月 - 新馆（1期）的常设展示部分开展

2001年4月 - 将国立科学博物馆作为独立行政法人

2002年6月 - 设立工业技术史资料信息中心

2004年11月 - 新馆正式开放，本馆改装工程开始

2007年4月 - 日本馆改装工程完成，开始对外开放

上野本馆 - 东京都台东区上野公园

新宿分馆 - 东京都新宿区百人町

筑波实验植物园 - 茨城县

国立科学博物馆附属自然教育园 - 东京都港区白金台

工业技术史资料信息中心 - 东京都中央区桥室町

位于上野公园内的国立科学博物馆是日本从绳文・弥生时代到古坟时代的遗蹟，还有一部分是曾在幕末明治维新时期遭烧毁的宽永寺子院落群遗蹟。1944年，发掘工作随博物馆新馆整修工程进行，在当时上野本馆正面设定的座头鲸模型（现白长鬚鲸模型的展示位置）和当时探险馆的一部分发掘出古代遗蹟。发掘成果有：江户时代宽永寺青龙院的基石、地下室、井等遗蹟；江户时代（17世纪末到18世纪初）的瓷器、陶器、土器，及大量当年在大火中焚毁的瓦片；日本早期从安南（现越南）进口来的安南染製品碎片；弥生时代的竖式穴居遗蹟；古坟时代的土俑·陶俑碎片。另外还在旁边的国立西洋美术馆发掘出竖式穴居遗蹟。

对于上野本馆的发掘工作至今为止已进行了两次，其发掘成果均记载入发掘报告，现收藏于台东区内的公共图书馆内，可供读者自由阅读。

《上野忍冈遗蹟：国立科学博物馆（たんけん馆・屋外展示模型地点）》 - 1995，国立科学博物馆上野地区埋藏文化财产发掘调查委员会编

《国立科学博物馆：おれんじ馆地点》（埋藏文化财产发掘调查报告书第10集） - 2001，台东区文化参禅调查会

《台东区の遗蹟》（《武藏野》第74卷第2号） - 1996，小俣悟

为了获得生态学资料，博物馆开展了各种日本国内调查活动。

・收藏了战后日本工业发展初期的相关资料。例：筑波大学开发的PAX型计算机相关资料、本田开发的CVCC型引擎等。

・保存至今的战前资料基本上都是国家级重点文化财产，一般性的藏品很少。