天智朝八年（669年），中臣镰足死，天智天皇以其参与大化改革之功，赐姓藤原朝臣，是本姓之始。其后文武天皇诏，只準其子不比等姓藤原。壬申之乱后，不比等参加撰修律令，营造平城京，创下政治基础。其女光明子立为皇后，开藤原氏一族立后之端。不比等有四子：武智麻吕（南家）、房前（北家）、宇合（式家）、麻吕（京家），是律令制下政治势力强大的四家。其后三家在争权中失势，只北家独荣不衰。到藤原良房时，以外戚出任摄关职，以摄政或关白之名义长期左右朝政，称为摄关政治，是北家的全盛时期，并确立摄政关白由北家嫡流出任的传统。及至道长当政以后，藤原氏专权达于极盛期。此期间藤原氏以外戚干政，为所欲为，二后并立，四女三妃。东宫立妃，幼小天皇常住其家。摄政、关白、太政大臣、左右大臣之职为藤原氏一族独霸，形成摄关政治特殊体制。北家嫡流（被称为摄关家）在平安时代末期分为近卫、松殿、九条三家。

宽治元年（1087年），院政开始，实权转入院政，藤原氏势力稍衰，形式上摄关职仍由藤原氏一家出任。平氏兴起，武士开始执政，藤原氏的摄关政治体制名存实亡。在鎌仓时代由近卫家分出鹰司家，由九条家分出二条家和一条家，近卫家、鹰司、九条、二条、一条被称为五摄家，交替出任摄关职，直至江户末期，但摄关职已与政权无关係。

明治维新后，五摄家列为华族之首获公爵称号。藤原氏一族在政坛上活跃近一千年。不过在明治时代，因为天皇下令所有人民都要有一个姓氏，有部份地区人改姓藤原，但这些人物与历史上真正的藤原氏无关，在现在藤原氏颇为普遍。