由于拼箱货物在货柜交接及运作上与整箱货物不同，故在实际拼箱货物运输操作中，常把货柜运费结构概括为海运运费及拼箱服务费两部分。其中拼箱服务费指除海运运费之外，还包括在装卸两端拼箱货物所有的操作费用，即除了拼箱货物的货运站服务费之外，还包括了从货运站至码头堆场的搬运费及堆场服务。

就拼箱货的总运费，船公司可以分海运费及拼箱服务费两部分收取，也可将两部分费用合併计收。在实际操作中，拼箱公司常根据其从船公司获得的整箱运价水平，结合拆箱费、利润等确定一个合併的费用。