财政收支内部控制制度审计是指对被审单位内部有关财政资金收支和管理、决算编制的内部控制制度是否健全有效进行的审计。审计主要内容是：（1）对一切财政收支，是否均有明确规定并有效实施的审批制度；对偏离预算和违反决算规定的行为是否有严格的检查纠正制度；（2）应上缴的各种预算收入，是否有相应措施以保证按时、足额上缴；对预算支出，是否均按照规定的开支範围、标準、程式和许可权批准后才予支用报销，并实行预算支出的限额拨款制度；有无严格有效的监督检查措施；（3）金库出纳管理制度是否健全有效；能否严格按照规定正确及时地办理各级财政预算的分成留缴和库款支拨；预算收入退库是否严格按照规定审核办理；（4）预备费和机动财力的动用，是否均按规定程式和许可权办理；（5）是否有健全的预算外资金管理制度；预算外收入均按规定的範围、标準收费，并均审核入帐，专户储存，预算外资金是否按规定的用途使用并有严格的审批和凭证手续度，（6）所有财政收支，是否均严格实行出纳、会计、审核的职能分立，帐、钱、物分管的原则；财政收支及其资金活动均正确进行会计记录；一切收支均出具或取得正式凭证，并经审核入帐；凭证存根均归档妥善保管；（7）是否有健全的决算报告制度，按照规定及时、正确、真实地编报决算；预算执行结果及决算均按规定程式审查核准；（8）是否实行了有效的内部审计制度，及时并经常对财政收支和资金活动进行监督审查。