贝根曲登塔平面为一巨大的十字折角形，铺展特别大，底层占2200平方米，而上面塔身较小。它和通常的喇嘛塔形式相比，有许多独特的地方。首先是塔的基座建成佛寺的形式，层叠而上，高达五层。其次是塔身呈圆形，四个正面辟门，其余四面开窗。塔身上的檐顶也是圆形，檐下施以木製斗拱。此外塔剎不但硕大，而且本身就是一座华丽的小塔。剎座也是十字折角形方台，折角较小，座子上都出短檐，檐下施斗拱，好象方阁一样。剎座安置巨大的十三天相轮剎身，往上覆以大圆宝盖，宝盖周绕垂旒花饰。剎顶冠以小型喇嘛塔。

贝根曲登塔不论在结构上还是艺术造型上都十分突出，既有藏族建筑艺术的特点，又兼融汉族民族建筑的一些特色。如木结构部分的斗拱、柱枋等完全是明代官式木构的法式，同时又吸收了印度、尼泊尔、克什米尔等外来佛教艺术的成分。它是西藏古塔中的佼佼者，是极为珍贵的文物。