21XX年，由最强的异常化Repliroid（思考型机器人）──Σ一手策划和实施的“太空殖民地欧拉西亚坠落地球事件”爆发，引发了欧拉西亚坠毁和Σ病毒散布全球的危机。虽然异常者猎人部队成功实施了“发射粒子大炮艾尼格玛”和“太空梭内部引爆”两大行动，将欧拉西亚击碎，但其部分碎片还是坠落到地球，直接撞击地表。随后，X和Zero与Σ展开了死斗，虽然Zero在最后时刻将Σ彻底击倒，但Σ也在濒死状态下用最后的雷射炮重创了X和Zero。之后Zero失蹤，遗留下了Z Saber，而X则被疑似已经数据化的莱特博士修复了。在那之后X手持挚友Zero的Z Saber，继续守护地球的和平（《洛克人X5》的剧情）。

虽然避免了欧拉西亚的直接撞击，但地球仍受到巨大的影响。地表环境遭受严重破坏，变得荒芜，人类转移到地下居住，由Repliroid负责进行地表的重建工作。期间，在欧拉西亚碎片坠落处的废墟上，站着一位穿着白袍的紫色Repliroid──Gate（盖特），他发现了一块不知是什幺东西的碎片，决定把它带回研究所分析。之后，Gate在解析该碎片时发现其拥有着巨大的力量，并开始加以利用……

“欧拉西亚事件” 三个星期后，还在休息中的X被Alia（艾莉雅）紧急叫醒，到某处击败一部暴乱的大型作业型机器人。该大型作业型机器人被击败后，残骸被一位突然出现的与Zero极为相似的紫色身影粉碎，而该身影又马上离开了现场！“Ze……Zero？！”X与Alia简直不敢相信刚才发生的事，但危机又再次逼近──一名自称High Max（海马克斯）的神秘Repliroid登场，他称Zero为噩梦（Nightmare）。对好友被诋毁非常不满的X随即与其展开战斗，但一番交手后，X发现自己完全无法对High Max造成伤害；而High Max也没打下去的意思，叫异常者猎人们不要插手这件事便离开了。

之后不久，Gate的助手Izoc发表公开演说，声称“噩梦现象”日益频繁，其根本原因是Zero的出现。Gate称将会建立一个脱离“噩梦”的国度，已派出八位调查员去调查已受“噩梦现象”严重影响的区域，誓要消灭“噩梦Zero”，并号召更多的Repliroid加入到行动中来。X怀疑Gate的动机且不相信“噩梦Zero”就是Zero，决定闯进调查区域去调查一切的真相……

（注：本作的剧情沿用的是《洛克人X5》中的部分分线剧情和结局，比如“欧拉西亚的部分碎片撞击地表”等，但是也作出了部分修改：在X5中只要发生欧拉西亚碎片撞击地表的事件就必然导致Zero觉醒，最终会是Zero死去而X忘记Zero的结局，本作安排Zero回归相当于对X5的“欧拉西亚碎片撞击地表”的剧情线进行修改了）

X系列的主角，莱特博士开发的第一代可以自主思考的Repliroid。身体的构造技术至今无人能够完全破解，凯恩博士在他的帮助下以他为蓝本开发出次世代Repliroid，因此他可以称得上是“Repliroid之父”。异常者猎人部队成立后，他便加入到由Σ担任队长的第17精锐部队，成为B级异常者猎人。有着善良及爱好和平的心，所以在战斗中有时会犹犹豫豫，影响实力发挥，但他的上司Σ称其“拥有无限的可能性”。Σ异常化叛变后，他顶替Σ的位置担任异常者猎人第17精锐部队的队长。在“欧拉西亚事件”后，他全力投入世界复兴的工作，并带着挚友Zero的遗物──Z Saber，继续守护世界的和平。

主要战斗方式为远程射击，本作中因有Z Sabar使得近战能力也大幅度提升，并可以装备强化晶片、莱特博士为其开发的战斗装甲以及从击败的头目处习得的技能来提升战斗能力。

洛克人X系列的第二主角，莱特博士的死对头——威利博士为了毁灭全世界并打倒X而製造的第一代可以自主思考的Repliroid。和X一样，其身体的构造技术也是至今无人能够完全破解。原本生性暴戾，战斗力极为恐怖，异常者猎人部队出动了近乎全数的兵力去抓他也无际于事，后来还在担任第17精锐部队队长的Σ为了避免更多伤亡亲自出马才侥倖将他制服（但Σ却在战斗中感染Zero携带的病毒并最终异常化）。俘获他后，异常者猎人部队将他的部分力量和记忆封印，现担任异常者猎人第0特殊部队的队长。虽然战斗力因为封印有所下降，但依然相当强劲，猎人实力评级达到特A级。在部队里，他是X的同伴兼前辈，把异常者猎人这份工作看得很重，对待敌人从来不客气，为了同伴甚至可以牺牲自己。在“欧拉西亚事件”中为了挽救X和消灭Σ受了重伤，其后行蹤不明。

主要战斗方式为近身战，手炮具有一定程度的远程射击能力，可通过装备收集的强化晶片以及从击败的头目处习得的技能来提升战斗能力。（注：在本作中，玩家最初不可以操作Zero，当玩家在8大Boss全破前击败隐藏关Boss“噩梦Zero”后会触发Zero归队的剧情，这时Zero才会成为玩家可操作的角色）

配备最高精度思考电路、拥有最强分析能力的非战斗型Repliroid，传闻原是Repliforce参谋部的高级军官，《洛克人X5》中调任异常者猎人部队的新总监。因为在未作调解的情况下将Repliforce全体认定为异常者，引发了“Repliforce大战”，导致很多无辜的人和Repliroid丧生（《洛克人X4》的剧情），原来的总监因内疚而辞职，而他则凭敏锐的判断力和杰出的领导能力被上级相中，继任成为新的总监。在战斗中他都是负责作战指挥，即便在非常危急的情况下也不会自乱阵脚；心思缜密，总能保持冷静并作出非常专业和正确的判断，从来不会让自己的情感影响决策，且善于在团队成员出现各类情绪问题时及时提醒并安抚他们。本作里继续担任总监一职，负责指挥整个“噩梦现象”调查行动和对Gate作战行动。

女性科学家型Repliroid，金髮蓝眼、戴着耳机以及粉白色的外观是其经典形象，认真、干练、责任心强，温柔之余又充满知性。以前是一个机械工程领域的研究员，曾经和Gate共事，因此精于机械工程技术的分析和研发，在“欧拉西亚事件”发生前调任异常者猎人部队的领航员，併兼任接线员和装备分析师（《洛克人X5》的剧情）。在本作中继续担任上述职位，负责为X、Zero以及其他异常者猎人提供战场环境、敌人分布等的情报蒐集、分析和指引。因为精于机械研究，所以仅凭备份数据就能把X的已损毁装甲进行重製，虽然性能无法100%还原但应付一般的战斗已经绰绰有余了（对于这点就连只剩电子影像的莱特博士也对她讚誉有加，所以本作中莱特博士给X的新装甲都是由她帮X组装的）。平日里很关心团队里的其他成员，绝不会因为自己的情感或私事影响工作，在执行任务时总是尽最大努力为同僚提供最优秀的服务，以免他们受到伤害。

儘管性格开朗但也有一段让她感到内疚的过去：和Gate共事时期，担任研究员的她有权认定机械产品是否已异常化；由于Gate的一些Repliroid作品颇具危险性，Alia曾将这些作品认定为异常者，并且亲自参与过个别作品的处决过程，但是这之中包括一些冤假错案，有些作品纯粹是因为被人误会、冤枉甚至栽赃才被当成异常者，而Alia在受人矇骗之下便把它们认定为异常化了。虽然发生这种事的主要责任不在她，但这段经历还是令她感到很内疚；加上她科学工作者的出身，在感性和理性交织之中她逐渐成为一名现实主义者，所以对奇蹟这类事情不太感冒。

工程师型Repliroid，原本是个机械工程领域的工程师，精通各种机械的安装和维修。如果说Alia是一个优秀的理论研究员，那他就是一个杰出的技师了。为人是个积极向上的乐观派，平时总是笑容挂在脸上，做起事来是既认真又高效，当遇到棘手的问题或紧急情况时也偶尔会流露出严肃的表情。总是对事情获得解决充满希望和自信，即便情况变坏时也从不逃避。和Alia一样，他也是在“欧拉西亚事件”发生前调入异常者猎人部队的，主要从事自己擅长的机械、武器等的整备工作，负责各类武器装备的组装和维修。

另外，他还可以根据X和Zero的战斗特点为他们开发一些强化能力的晶片，比如提高行动速度、冲刺能力、射击速度及Z剑威力等；本作中攻关时救回的部分人质带有这些强化晶片的技术数据，他们返回异常者猎人部队基地后会把这些数据交给Douglas进行分析，开发出晶片后就可以供X和Zero使用了。（注：本作是Douglas最后一次在X系列里登场，往后的X7和X8他便不见了，官方暂未给出原因）　

Gate为了追查和分析“噩梦现象”和“噩梦Zero”所组的队伍，一共九人，由High Max担任队长，另有八位队员分别驻守于八个和“噩梦现象”最为密切的地区。而这这八位调查员都是Gate的Repliroid作品，之前都已因为各种原因被处决……

堪称天才的科学家型Repliroid，是机械工程领域的杰出研究员，Alia的旧同僚。作为科学家，他热衷于开发Repliroid，其作品也是无比优秀，以至达到只有他自己才能理解和控制的程度。不过，他超前的意识和想法很多时候难以被其他人理解，最终逐渐被人孤立和鄙视。而这种状况也波及到他的作品，部分作品因为性能过于强大而被认为危险性极高，甚至做出无视命令擅自行动的举动，这使得人们对Gate的评价更为负面。但是，他身为科学家的自尊心和不羁的个性让他坚定地认为只有製作出更优秀的Repliroid才能获得世人的认可，于是更多性能更强的Repliroid便诞生了。然而，他的这些作品引起了上级的担忧，所以很多都被以各种理由进行处决，甚至连和Gate关係较好的Alia也曾参与其中。不甘才能被他人埋没的心理，加上不公的待遇，很快便让Gate的内心蕴酿出强烈的复仇愿望。逐渐完全孤立的他在撂下“我一定要让你们刮目相看，建立一个只有高等Repliroid存在的国度，将无法理解我实力的下等Repliroid给全部支配”的狠话后，便从人们的视线中消失……

“欧拉西亚事件”后，已经行蹤不明多时的Gate突然出现在不久前X和Zero大战Σ的废墟处，并偶然发现了一块携带有Zero的DNA的碎片。Gate受到碎片中的Zero病毒感染，野心突然膨胀起来，认为实现自己梦想的时候到了。于是，他与自己的助手Izoc一道，利用碎片的力量製造出High Max和噩梦Zero，并将自己製造（或收编）且已被处决的八个性能极强的Repliroid复活，开始实施“噩梦计画”，同时暗中準备复活Σ……（注："Gate"的名字为大门之意，以人物个性和能力可以解释为“令Repliroid更进步的关口”或者“以大门来封闭自己的人”）

Gate的首席助手和心腹，谜一样的老年科学家型Repliroid，“噩梦计画”的主要策划者之一，一直暗中为Gate办事。他的来历不明，也不知道是什幺时候、因为何种原因成为Gate的手下。“噩梦计画”开始后，噩梦Zero在世界各地搞破坏，他突然站出来向全世界发表演说，声称世界各地频繁出现异常现象的根源是Zero，全世界已经陷入巨大危机，要化解危机、消灭噩梦现象的唯一方法便是打倒Zero；他称已经派出8位调查员前往深受“噩梦现象”影响的8个地区进行调查，并呼吁全世界的Repliroid加入其中……而他这一系列的搞作，都是为了引起人们对Zero的憎恨和对异常者猎人部队的不满，以求抢占舆论的制高点，为Gate的计画铺路，同时增强己方的军事力量。

另一方面，他也非常执拗地要寻找行蹤不明的Zero，同时好像很了解Zero。在High Max被Zero打败时，他对此并不意外还感到非常高兴；当Zero想攻击他时，他竟然能轻而易举地锁住Zero的行动令其动弹不得，但是却又没进一步伤害Zero，并对Zero称自己知道他的过去。相反，他对X则是嗤之以鼻，直斥其为“旧时代的废物”。后来，Gate被X和Zero打败，Σ复活，他的躯体在“秘密研究所”中被发现，但程式已被消灭，机能完全停止。当Zero在他的遗体旁擦过时，能听到一个其他人都听不到的声音说“去吧，Zero，你才是最强的机器人”。（注：正因为有这些奇怪现象，所以他被不少玩家猜想是威利博士的另一个化身）。

Gate和Izoc利用捡回的Zero碎片进行DNA分析后製造的Repliroid，从一开始他的设计理念就是要超越X和Zero等旧时代的机器人，各方面的数值都凌驾在X和Zero之上。全身黑色的造型显出他深不可测的一面，冷言冷语、眼神兇狠、面无表情，只会忠实地完成Gate指派的任务，如非必要根本不会主动说话。作为Gate的最高杰作，他也深信自己是比X和Zero更优秀的机器人，“噩梦计画”开始后，表面上担任噩梦现象调查队的队长，目标是消除“噩梦Zero”，但实质上是对付异常者猎人的究极战斗工具。

战斗方面他最为惊人的是那强得过分的防御力，初次和X战斗时X的攻击完全无法对其造成伤害；进攻方式也非常丰富，包括连续高速发射小型光球和名为“死亡球”的巨大能源弹、製造防护屏障的同时发动快速撞击等。而在“噩梦Zero”被X收拾后（八大调查员被全灭前），他会作为各区域分支路线的Boss出现；打败他后，“秘密研究所”的关卡将会提前开启。

获得武器：蜻蜓护卫机（Yamma Option）

蜻蜓型Repliroid，别名“绿林的指挥官”『绿林の指挥官(Commander of the Green Forest)』。Gate的作品之一，过去曾参加森林保护计画，负责森林观测；由于具备产生小型可自由操作的小型子机的能力，因此近乎可以观测到森林中的每一个死角。某一天他因为疏失引发事故酿成森林火灾，但因为平时累积了很多功绩，所以并未获罪。不过，后来有些对Gate不满的人盯上了他，暗中破坏了他的飞行装置，导致他在行动中再一次发生事故并坠毁身亡。“噩梦计画”开始后，他被Gate复活。由于以前的种种不幸遭遇，他对异常者猎人与Repliroid研究员非常不信任并抱有强烈的敌意，最终竖起反旗，加入了“噩梦现象调查队”，负责调查亚马逊区域。

获得武器：刺骨水击（Meteor Rain） / 圆水斩

龟型Repliroid，别名“水壁的要塞”『水壁の要塞(Water Wall Fortress)』。Gate的作品之一，水陆两用型机器人，过去曾任职于水质改善部门，参加过水质改善计画。个性良善，既尊敬努力守护世界、数次挫败Σ的X和Zero，也对Gate誓死效忠。背上的甲壳使用能抵抗酸雨的超合金製造，能进入污染极为严重的A级受污染区域进行调查。不过，因为能力过于强大所以部分研究员视其为危险分子，要求将他的能力弱化；但是Gate一直无视此命令，导致被上级处分。结果，他因为对此事感到愧疚，便自己剥下甲壳停止了自己的机能。“噩梦计画”开始后，他被Gate复活，加入了“噩梦现象调查队”，负责调查印南寺院。

获得武器：反射护盾（Guard Shell）

蚌贝型Repliroid，别名“名人随扈”『マスターガードナー(Master Protector)』。Gate的作品之一，过去是保护重要人员（最主要是研究机构的所长等）的保镖，为人处事冷静、判断果敢、责任心极强，防御力强悍，因而表现十分优秀，得到的评价很高。曾经受命保护知名学者吉姆博士，但期间吉姆博士却异常化，发现状况的他当机立断就处决了吉姆博士。可是，X、Zero的部下赶到现场时只看到是他杀害了吉姆博士，又想到他是Gate製造的，便认定他为异常者。他有感自己对吉姆博士的异常化有责任，为维护己方阵营的稳定便选择了自我了断。X、Zero知道真相后，对他的死也是非常惋惜。“噩梦计画”开始后，他被Gate复活，加入了“噩梦现象调查队”，负责调查雷射研究所。而在与X和Zero对峙时，他坦言之前的事起因在于他自己未能完成好任务，因此他并没有记恨异常者猎人部队。

获得武器：冰天雪球（Ice Burst） / 冰狼牙

狼型Repliroid，别名“白冻的狩人”『白氷の狩人(Hunter of White Ice)』。Gate的作品之一，过去曾是极地开拓队的队长，能够利用四足步行的方式在冰面上迅速地活动。虽然拥有尖牙利爪的兇恶外观，但为人富有责任感，处事冷静，因此深得下属信赖。有一次开拓队在任务过程中遭到异常者袭击，全军覆没，他一个人力战到底并最终战胜了异常者。但是，对Gate不满的人向Alia进谗言，把事件的责任全部推到他身上。结果Alia上当受骗，在她的指挥下，在海里将他处决。Zero以前和他关係密切，Alia也一样，她在处决银狼后越想越感到事情不对劲，深入调查后才知道是冤案……Alia追悔莫及，至今仍感到非常愧疚。“噩梦计画”开始后，他被Gate复活，加入了“噩梦现象调查队”，负责调查北极区域。

获得武器：火焰剑击（Magma Blade） / 翔炎山

凤凰型Repliroid，别名“炼狱的不死鸟”『炼狱の不死鸟(Phoenix of Purgatory)』。Gate的作品之一，原本是火山喷发灾害应对小组的研究员，负责监控、调查火山热点以及预警火山灾害，有着极为优秀的耐热性能。但是，缺乏团体协调性，性情暴躁、自我中心，与小组内的同事关係非常不好。曾经多次无视上级命令，强行进入危险区域工作，却又不顾下属的死活，因此时有伤亡事件发生。由于Gate拒绝限制他的性能，而他又一而再再而三地违抗上级的命令，终于酿成所属小队全军覆没的毁灭性伤害事故，他为了逃避处罚还刻意将事故隐瞒。后来他遭到上级的深入追查，最终死罪难逃，在地下深处被处决。“噩梦计画”开始后，他被Gate复活，加入了“噩梦现象调查队”，负责调查熔岩地带。然而自负、暴躁的性格依然没变，自认“最强”；甚至连Gate的指令也不听──对前来投奔“噩梦现象调查队”的Repliroid不是用噩梦病毒将他们控制，而是一个个地残忍杀害。

获得武器：镭射光束（Arrow Ray） / 裂光霸

水虱型Repliroid，别名“禁忌的游玩家”『禁じられた游び人(Forbidden Gamer)』。Gate的作品之一，原本是用来测试大型载人兵器的测试驾驶员，身体使用了特殊的光电导材质来製作，因此拥有优异的分析能力，能够随时应变各种状况。不过，为人却是非常任性和傲慢，口音带有某些习惯性的口头禅，时常与工作的同僚吵架，就连Gate也对他相当头痛。因为拥有优异性能的关係，所以时常无视原本的测试程式而进行自己喜欢的兵器实验。虽然被他改良的实验仍获得不错的成果，但是这些靠着他的优异性能才能够完成的成果难以投入实际套用。由于实在难以与其相处，其同僚们终于忍无可忍，便故意安排了一场假的实验事故令他被处决。“噩梦计画”开始后，他被Gate复活，加入了“噩梦现象调查队”，负责调查兵器开发所，并且运用噩梦病毒的力量重启了自己过去曾经参与测试、但后来停止开发的大型机器人光彩巨人『ビッグ・ジ・イルミナ(Big G Illumina)』。

获得武器：金属钢锚（Metal Anchor） / 落钢刃

斧鲨型Repliroid，别名“钢海的死灵术士”『钢海のネクロマンサー(Archaeologist of Earth)』。Gate的作品之一，原为机械回收研究所所长，负责研究如何利用已经遭到处决的异常化Repliroid的残骸再製成新的Repliroid使用。由于职务的关係，所以手中掌握着很多异常者的DNA资料，加上他本人有非常优秀的DNA分析能力，所以他的研究最后发展到利用Repliroid的残骸和DNA信息来将已故的Repliroid复活。然而这行为在法律上是不容许的，但是Gate却是非常感兴趣，非但没有阻止反而对其怂恿煽动，让他进行违反条例的Repliroid再生实验，据说研究成果达到了差一步就能使机能停止的Repliroid完全复活的地步。结果，在即将成功之际东窗事发，他被以危险研究为由处决。“噩梦计画”开始后，他被Gate复活，加入了“噩梦现象调查队”，负责调查机械回收研究所，并继续进行之前没完成的研究。

获得武器：岩石冲击（Ground Dash） / 旋坠斩

圣甲虫型Repliroid，别名“大地的考古”『大地の考古(Necromancer of Steel Sea)』。自称“宝藏猎人”的考古学家，除了发掘珍宝之外也热衷于研究工作，有很多考古学方面的丰硕成果。但在考古的时候常常不注意保护古蹟环境，甚至偷窃重要文物或令遗蹟受损，因而遭到异常者猎人部队的通缉。他以古代遗蹟、古代机器人等学术数据资料作为交换条件，获得Gate的保护并成为其专属从业员，在接受Gate的强化改造后性能得到大幅提升。然而，后来他遵从Gate的命令，侵入X与Zero被发现的禁断之地，下场是被Alia逮住并处以极刑。“噩梦计画”开始后，他被Gate复活，加入了“噩梦现象调查队”，负责调查中央博物馆，并企图窃取X的DNA信息。

本作的最终Boss，X系列永远的大反派，有史以来最强的异常化Repliroid。Σ很久以前曾经是异常者猎人第17精锐部队的队长，是X与Zero的前上司，凯恩博士的最高杰作，兼具高强的战斗能力与优秀的头脑，受到很多Repliroid的仰慕，可以说是当时最强的Repliroid。但是，在捕获原生Zero时不幸感染了病毒，从而成为最强的异常者，曾策划或发动五次叛乱战争（Σ叛乱、反击猎人叛乱、都卜勒博士叛乱、Repliforce大战、欧拉西亚事件），但均被X和Zero击退。他的异常化同时伴随着Σ病毒的产生，这种病毒成为Repliroid异常化的主要原因之一。在《洛克人X5》里，他在与X和Zero的最终决战中败亡（按照X5原本的计画，他在这场战斗中是被完全消灭）。然而，Gate在对Zero的DNA研究的过程中，发现Σ病毒和Zero病毒有一定的相似性，因此便暗中试图令Σ复活，以备不时之需。但Gate也知道这具有很大的危险性，加上收集的资料还不够充分，所以便将复活工程的最后阶段暂时搁置。后来，Gate被攻入自己研究所的X和Zero打败，为挽回败局只好强行启动还没完全复活的Σ。然而Σ并不领情，反而认为自己根本没死何谈复活，也根本不需要Gate多此一举，一炮就把Gate轰至濒死（然而并不能说明力量有多强，因为Gate当时已经因被X和Zero打败受了重伤）。

Sigma

第一型态为丧尸模样，一个类似残骸一样的躯体。Σ在这个状态下说话结巴、行动蹒跚，力量也远未达到巅峰。这很大程度上是因为在“欧拉西亚事件”里，Σ把自己的本体程式寄生到Σ病毒中散播至全世界，而部分带有关键本体程式的病毒又因为零空间中的最终决战而被消灭殆尽，这使得Gate难以回收全Σ的所有数据，从而影响到Σ的完全复活。因此，可以说这个型态下的Σ只具有原来的部分基本意识（比如对X和Zero的敌意等）和性能，也只能凭着这些仅有的资源控制残缺的躯体进行战斗。

第二型态又称为“地狱西格玛”『ヘルシグマ(Hell Sigma)』。外观形似木乃伊的金甲外骨骼的巨大机器人，是Gate所製造的大型战斗工具，不过是未完成品。Σ深知单凭残缺的第一型态根本无法与X和Zero抗衡，于是强行侵占了这个躯体来展开最后的殊死一搏。由于这个躯体本身就体积巨大且性能强劲，因此操作时需要很强的控制力才能驱动，复活不完全的Σ在使用这个躯体时已经无法进行正常的思考了，逻辑思维更加紊乱，言语也变得更为疯癫，只是凭着生存的本能在战斗。因体型过于巨大，导致沖入战斗所在的房间后手脚都被卡在房间外，只能通过头部进行战斗。

Hell Sigma

Gate和Izoc根据拾到的Zero碎片中的DNA信息所製造的Zero的仿造品，拥有Zero的部分记忆和机能。个性好战兇狠，是个危险人物，被Gate派出去搞破以陷害真正的Zero。传送区域的第一位首领，打败他后，真正的Zero会再出现。

在“欧拉西亚事件”的三个星期后突然出现，引发大範围的“噩梦现象”，造成恐慌，其母体位于Gate的秘密研究所。可恶意操控思考型或重工型机器人，使他们失控。除此之外，还能造成天气改变、製造金属巨块、使部份地区停电、引起火山爆发或将熔岩染色（？！）等等。每个未曾被击破过的病毒个体，若被击破将会在原地留下一个噩梦灵魂，如果一段时间内不将灵魂回收那灵魂会重新变成病毒个体（但若再被击破则无法再通过灵魂重生，只能通过母体进行复活，但复活的个体不再带有灵魂）。噩梦灵魂有强化Repliroid的功能，X和Zero在游戏中收集的灵魂越多则猎人等级的评价也越高，可同时装备的强化晶片也越多。

噩梦病毒及母体

身份和来历都是谜一样的Repliroid，职业是僱佣兵。为人傲慢、马虎、怕麻烦且不负责任，见钱眼开，只有在僱主给予丰厚报酬的时候才会稍为认真点工作，不过相对异常者而言没那幺兇残。儘管有一大堆问题，但是战斗能力却是不容忽视，既擅长使用手炮攻击又精于使用光剑作战，若以异常者猎人部队的实力评级来算的话至少是特A级或以上，这让他总是能完成僱主委託的任务。前作《洛克人X5》里受Σ雇用后，奉命潜入殖民地欧拉西亚散布Σ病毒，导致“欧拉西亚事件”的发生，同时在X和Zero处理危机时多次出手阻挠。后来，Σ被X和Zero打倒，他便逃之夭夭了。

本作中再次登场，听说“噩梦灵魂”可以强化实力，于是他便四处收集，实力也果真得到强化，所以便又来找X和Zero的麻烦了。作为传送区域的第三位Boss出现，如果使用暴雨翠龟的特殊武器攻击他，就能在他身上“赚取”不少噩梦灵魂（每一关中最多3次，每个灵魂点数为200）。在Gate和Σ被打倒后，他便再次失蹤了，再也没有在系列中出现。

Blade Armor（剑刃装甲）：

头部配件──于地滚圣甲虫关。玩家会随机进入不同的场景，要拿到得看运气。一般是第三和第四个场景。

身体配件──于盾牌蚌贝关。在来到有两个要用雷射开启的场景时，利用雷射打开下面的门，到下面则有许多雷射炮和反射板。首先，要利用反射板射击第一个紫色的雷射炮。然后，把紫色的雷射炮左边的四个反射板依次调整为朝下，朝上，朝下，右上。让第二个紫色的雷射炮被射击。把第二个紫色的雷射炮左边的三个反射板依次调整为朝上，左下，右下。则会打开另一个门。跳到门下面，会发现左下方的墙可通过。向左走，会有一些隐形的跳台，跳到左边就会有装甲机。

手部配件──于无限水蚤关。进入传送区域，在传送区域的起点向左走就会发现装甲机。

足部配件──于挥令蜻蜓关。在第一个场景中第一个跳下的洞的底部向右走就可找到。

Shadow Armor（影子装甲）：

头部配件──于金属斧鲨关。到达第二个楼梯时，不要下去。一直向左走，会发现第三个楼梯。跳下去后向右走，会有一个要跳跃的地方，需要用“剑身装甲”的冲刺才能跳到对岸的装甲机那里。

身体配件──于暴雨翠龟关。到最后一个场景的右边的最上方，需利用冲刺冲过尖刺地段，然后用同样的方法冲过第二个尖刺地段就可找到装甲机。

手部配件──于火烈凤凰关。到达有两个门的场景时，在最上方利用Zero的二段跳或“剑刃装甲”的向上冲刺到达上面的平台。一直向上跳就可找到装甲机。

足部配件──于暴雪银狼关。到达有连续几个滑坡的场景时，在第一个滑坡的中段时跳到右上方的平台，则会找到装甲机。

关卡中的环境和路线会因为噩梦病毒的存在而产生改变。

八大关卡里，共分布了128位有时身上拥有不同的增强部件的求救者。

在八大关卡中，放置了一些通往同一区域，但收不到艾莉亚讯息的地段的传送点。这些路线的分支当中，隐藏着什幺新的事物？

玩家所用角色的猎人等级会依其所得的恶梦灵魂数目增加而提升。

游戏的结局会跟随玩家所开拓的故事和最后使用的角色而改变。

“蹲下”和“吊绳”的动作仍然健在。装甲配备採用“程式制”：玩家需要将一套装甲的四件配件集齐才能使用。

PC：在游戏开始界面（就是按ENTER继续之后的界面）按三次左(←)和一次右(→)可以使用X的究极装甲，按三次S一次B，解锁Zero之后可以获得Zero的黑色铠甲。

太空殖民地“欧拉西亚”坠落处：已经变成一无人荒漠……时代的转捩点……噩梦的开始……

亚马逊区域：夜里神秘的热带雨林，还是不少古代文明的遗址。

印南寺院：文化遗产重镇之一，靠近水边的寺庙建筑群。受“噩梦现象”影响，天气控制器会製造酸雨。

雷射研究所：云上的大型建设，装了很多发射雷射的仪器和只能靠雷射开启的闸门。

北极地区：冰山的山洞中，常常有巨型冰块从高处塌下，墙壁亦难以摩擦。

熔岩地区：火山活跃带的其中一个热点。受“噩梦现象”影响，熔岩变成了紫色（？！）。

兵器开发所：研究和开发武器之处，还有着已损坏的有人驾驶型巨大兵器"Big G Illumina" ，但受“噩梦现象”影响已经复活。

机械回收研究所：把破废的机械加以处理并再造的设施，四处装有巨型垂直式榨压机和高低不一的平台。

中央博物馆：记录世界知识的汇聚。受“噩梦现象”影响，周围随时有圆形或方形岩石出现。

秘密研究所（两段）：Gate的研究所，位于太空殖民地“欧拉西亚”的坠落处附近，有着奇怪的抽象墙饰。

？？？？？？：西格玛的所在地，环境酷似秘密研究所，但是气氛犹如黑暗空间……

“每进入一关后，这关的病毒便会侵入其他特定的几关，使那几关的病毒重新产生灵魂并发生特定的怪异现象。”这就是“噩梦现象”的定义，接下来，就具体解释各关所能产生的病毒现象。顺序为从左到右、从上到下：

第1关：受影响关──第3关、第5关。现象：飞蚊。会出现小蚊子，阻碍射击武器攻击敌人，阻碍冲刺，有时会攻击我方。

第2关：受影响关──第1关、第8关。现象：暴风雨──减慢前进速度和跳越的距离。

第3关：受影响关──第2关、第4关。现象：影子──出现Zero（Zero的场合是X）的影子，攻击我方。

第4关：受影响关──第7关。现象：结冰──地面结冰，走路打滑。

第5关：受影响关──第4关、第6关。现象：火球──天上掉火球。

第6关：受影响关──第1关、第2关。现象：黑暗──画面变暗，影响可视範围。

第7关：受影响关──第5关、第6关、第8关。现象：钢块──出现上下移动的钢块，阻碍前进。

第8关：受影响关──第3关、第7关。现象：障碍──出现障碍物。

“噩梦现象”并不一定是坏事，其中第五关的“噩梦现象”，关係到了能否进入第四关的分支；而第七关的“噩梦现象”，也使在不会两段跳或向上冲刺的情况下，进入第五关的分支成为可能。另外，第七关“噩梦现象”的钢块可以用金属斧鲨的特殊武器暂时打掉，第八关的“噩梦现象”显现的障碍也可以用地滚圣甲虫的武器对付，灰色的可以打掉，紫色的可以推走，黑色的可以推动。

在每一关中都有增加生命的“心”：

挥令蜻蜓关：在第二个场景中的尖刺地段的开始处左下角的洞中。

暴雨翠龟关：最后一个场景的最下方的左边，利用暂时的无敌状态冲过。

盾牌蚌贝关：在进入传送装置的那条路的尖刺上。

暴雪银狼关：在进入传送装置的那条路上。需要触发火烈凤凰关的噩梦现象才能走这条路（就是装甲机下方向右走）

火烈凤凰关：在找装甲机的那条路可发现。

无限水虱关：在装甲机旁边。

金属斧鲨关：在第三个场景的路上可发现。

地滚圣甲虫关：在进入传送装置的那条路上可发现。

挥令蜻蜓关：在第一个场景中的第二个跳下的洞的左上方，利用二段跳的到达。

火烈凤凰挂：在传送区域的路上可发现。

盾牌蚌贝关：在传送区域的路上可发现。

暴雪银狼关：在传送装置下方的尖刺上。

沿用以往洛克人系列的传统，X和Zero打败常规关卡的八大头目后可习得相应的特殊技能，而这些特殊技能对某些Boss有克製作用，可令其受攻击时出现特殊硬直或扣减更多的血量。

1.挥令蜻蜓：用无限水虱的武器（产生特殊硬直并加重伤害）。

2.暴雨翠龟：用暴雪银狼的武器（产生特殊硬直并加重伤害）：需要先打掉其龟壳上的两颗绿色水晶后才有用，或者绕到龟壳保护不到的地方再攻击。

3.盾牌蚌贝：用金属斧鲨的武器（产生特殊硬直并加重伤害）。

4.暴雪银狼：用火烈凤凰的武器（产生特殊硬直并加重伤害）。

5.火烈凤凰：用地滚圣甲虫的武器（产生特殊硬直并加重伤害）。

6.无限水虱：用盾牌蚌贝的武器（非蓄力版，产生特殊硬直并加重伤害）：蚌贝的非蓄力特武是在X和Zero身前产生雷射护盾，当水虱发射黄色的子弹时护盾可以转换子弹的相性并反弹，击中他的话便能让他出现硬直并加重伤害（注：X的蓄力版蚌贝特武也可以发射子弹，但那种子弹不能让水虱出现硬直也不能加重伤害）。

7.金属斧鲨：用暴雨翠龟的武器（产生特殊硬直并加重伤害）。

8.地滚圣甲虫：用挥令蜻蜓的武器（产生特殊硬直并加重伤害）。

1.噩梦Zero：用Z剑（产生特殊硬直并加重伤害）。

2.海马克斯：用火烈凤凰的武器（只加重伤害）。

Boss克制系统

3.戴纳摩：用暴雨翠龟的武器（产生特殊硬直并加重伤害）。

4.噩梦病毒母体（仅核心）：用金属斧鲨的武器（只加重伤害）。

5.盖特：X和Zero的所有攻击无效，也没有特殊武器可克制，只有通过将他发射的能量弹打碎后反弹击中他才能使他受伤。

6.西格玛（第一型态）：用金属斧鲨的武器（产生特殊硬直并加重伤害）。

7.地狱西格玛（仅口部中的发射器）：用地滚圣甲虫的武器（产生特殊硬直并加重伤害），或用Z剑攻击（只加重伤害）。

本作延续自洛克人X系列开始以来的传统，在某些关卡的特殊路段玩家操纵的角色可以驾驶一些载具攻关。本作中玩家可以使用的载具只有一种：

曾在《洛克人X4》和《洛克人X5》中都有登场的骑乘机甲，由具备超高硬度及极强耐热能力的特殊材质製造而成，即便在高达几千摄氏度的岩浆里运作也能毫髮无损；背部有喷射装置，使得它可以进行短距离的高速冲刺及跳跃。非战争时期，一般被用于採矿或深入一些极为複杂的环境进行作业，能够轻鬆凿开坚硬的岩石或其它障碍物。用作战斗工具时，臂部的钻头不仅可以使出最高2段的连续攻击，还可以进行蓄力使出强力的刺击，其强大的破坏力足以破坏一整段的列车车厢；而强劲的腿力可压碎踩到的物体，哪怕是同类机甲也不例外。本作中仅出现在金属斧鲨所在关卡的初期路段和传送区域里，玩家可以将机甲停放在某些较高的地形上，这样便可以阻挡垂直压缩机往下压缩。另外，此机甲因为太重所以跳跃高度较低，导致无法跳过某些较高的障碍物，所以不能在关卡的全路段使用，也无法带到Boss房间。

据稻船敬二所说，洛克人X系列原先在X5已经完满结束，然而因为系列的可盈利性，结果还是製作了X6 ，间接令本作和之后的故事连线不太稳当。而本作的多元化结局在剧情上也开启了其它洛克人系列的篇章：X的结局（Zero归队）开启X7的剧情，而Zero的结局则开启《洛克人Zero》系列的剧情。

洛克人X系列游戏的关卡设定，本来是可以令玩家在没有获得所有隐藏部件（能量最大值增加器的“心”、后备能量储存器“E罐”或装甲配件等等），甚至没有任何装备的情况下，也能够闯入最后关卡（当然难度比获得所有部件时高），但在X6这作中的某些关卡，尤其是最后关卡“秘密研究所”的一些路段，如果无法空中冲刺的话，就不能深入前方路段。这种不良的设计使玩家被困在一关卡中进退两难，不得不花掉所有生命数目来返回“继续”选项中离开关卡。不过在装备有加速冲刺（注意游戏中加速冲刺和快速移动的图示是颠倒的），就可以在即使无法空中冲刺的情况下也能冲刺跳到大坑右边的墙壁上。

Moon Light

森久保祥太郎主唱

The Answer

森久保祥太郎主唱

I.D.E.A.　～仆は每日、梦を见る～

RoST 主唱