河套地区一直是中原王朝和游牧民族政权的兵家必争之地，战略地位十分重要。

明初，元朝残余势力盘踞在蒙古高原，洪武三年郑州知州苏琦所上奏疏的核心思想便是依託长城，建立军镇，实行军屯，实施近边防御。“丁酉，郑州知州苏琦言时宜三事。其一，国家肇造区宇，西北余孽未平，关辅、平凉、北平、辽右与夷虏相接，一有警急，调兵转粟，事难卒办。请议电田积粟，以示久长之规。其二，宜选股胧重臣，才兼文武，练达边事，分镇要害，以统制诸番。若其来归也，待之以诚，怀之以德;其叛也，喻之以义，示之以威，专明恩信，远示绥怀，勿启边衅，以疑远人;勿连兵祸，以劳中国。其沙漠非要害之处，当毁其城郭，徙其人户于内地……上谓中书省臣曰:‘屯田以守要害，此驭夷狄之长策。李牧、赵充国常用此道，故能有功……琦言有可采者，其参酌行之。’”《明太祖实录》卷50，洪武三年三月丁酉。儘管朱元璋对这一规划颇为赞同，但同时又制定了进攻蒙古大漠的计画，可见当时朱元璋本人处在攻或守的矛盾之中。和林是元朝岭北行省驻地。洪武五年(1372)正月，朱元璋命魏国公徐达为征虏大将军，由木怜道出发，赴和林为中路军;曹国公李文忠为副将军，由帖里干道出发为东路军;宋国公冯胜为右副将军，由纳怜道出发为西路军，合骑兵15万，三道并进，出征漠北。骑兵15万，用于后勤运输保障的马匹更当倍之，因此，此次出征所用马匹至少在30万匹以上，规模之壮，在洪武一朝空前绝后。久经沙场的扩廓利用明军胜兵易骄的心理，诱敌深入。徐达冒进于扩廓与贺宗哲联军的伏击圈中，‘骤与之战不利，死者一数万。”同样，明军则损失惨重。据《草木子余录》 载，“分三路出讨漠北， 大败， 死者前后约四十万” 。相对于人员， 战马损失应该更加惨重。如果说此时的朱元璋畏惧于被他称之为天下第一奇男子的王保保( 即扩廓帖木儿) 而不敢主动出击， 那幺 “在洪武八年八月， ( 北元) 丧失了大将王保保， 十一年四月， 元主昭宗又逝世， 但明军还不敢乘机大举”日本学者和田清敏锐地觉察出这一现象， 但没有给出答案。不仅如此， 在以后长达 15 年的时间里， 也未见明军大规模出击的举动， 这种局面一直持续到洪武二十年。从各方面分析， 战马的匮乏应是制约明朝大规模军事行动的主要因素。根据《明史》记载，洪武二十三年（1390年），明朝清点全国兵马数，计官兵1204923人，马仅45080匹，可见岭北之战后明朝军马的缺少。“与虏战失利，敛兵守塞”只能用步兵固垒。“马悉数不过二万， 若逢十万之骑， 虽古名将， 亦难于野战。所以必欲知己， 筭我马数如是。纵有步军，但可夹马以助声势，若欲追北擒寇，则不能矣。”其结果是步兵的战略投送能力远远弱于骑兵。“明军自是希出塞矣”。明军骑兵的严重缺失让朱元璋继承元朝最后一个行省的计画严重受挫。“按此和林之偏师也，我军鲜利，高皇盖数悔之。”最后只能在漠南设定诸多卫所，借地利屯田牧马助军资，以图反攻岭北。而岭北之役促使朱元璋决定採纳苏琦的建议，在很长一段时间内经营长城防线。如洪武六年便将北边战略改为防御。“大将军魏国公徐达分遣左副将军李文忠……分驻山西、北平等处，相机擒讨残胡。遣指挥李玉入奏。诏可之。”见《明太祖实录》卷83，洪武六年六月丙午。直到洪武后期，朱元璋才藉纳哈出投降之机，命蓝玉奇袭北元汗廷后，再次派遣诸子出镇北方，并让朱标準备迁都关中地区事宜。从朱元璋对晋王马政的嘱託来看是于岭北之战之后战马尚未彻底恢复有关，经过多年筹划连朱元璋也不禁感叹“朕无北顾忧矣”。为了防御蒙古骑兵势力的南下，拱卫中原腹里以及作为日后朱标反攻岭北的基地，在明朝北部边疆建立了一套比较完整的防御体系，特别是建立在河套地区附近负责河套防务的肃王国、宁夏卫、三座受降城、东胜、开平、大宁等卫所极为重要。后又在边地逐渐形成九边塞王军镇重点。

朱棣时期，将大宁都司和东胜卫陆续撤到内地，这使得明初在河套地区完整的防御体系上出现了漏洞，河套地区直接暴露在蒙古势力面前，蒙古诸部并以此为常驻之地频繁南下入寇明朝边地及中原地区。

宣德年间蒙古部众开始出入河套地区。

也先死后，瓦剌部逐步衰弱，鞑靼部从此强盛起来。明英宗天顺年间，鞑靼部首领阿罗出率部潜入河套地区。

公元1461年（明英宗天顺五年），鞑靼部的孛来多次侵扰明朝西北地区，入寇永昌和甘州，但是被凉州都督毛忠打得大败，孛来遣使向明朝求和，恳求入贡。明英宗朱祁镇批准了他的请求。但是孛来入贡有一个要求就是由陕西兰县入关纳贡。原先蒙古部落进入内地纳贡，都是从山西大同进京城，大同是明边防重镇，守卫森严，而兰县是进入河套草原的必经之路。于是，鞑靼部的孛来使团经兰县入贡，然后返回河套平原，接着就不走了。后来，在这里定居下来。盘踞在这里的蒙古人越来越多，中原地区每到秋收的时候，鞑靼部就成群结队出去抢。

公元1465年（明宪宗成化元年），孛来等也率部进入河套地区。之后又有其他的鞑靼部入主河套地区。蒙古军事力量自占领河套地区后，遂于当地驻扎下来，从此河套就成了蒙古骚扰明朝内地的一个主要基地，而“套寇”也就成了明朝中期的主要边患；蒙古诸部年年深入明朝边地，杀烧抢掠，但当时的明朝政府无力收复河套，边患一直影响到明武宗期间。明穆宗时期的“俺答封贡”以后，明朝才和蒙古的关係缓和。

然而，1591年，总督魏学曾令总兵杜桐等率军击杀河套部长明安，导致河套诸部又开始和明朝兵戎相见，直到1616年，总兵杜文焕在延绥边关数次重创河套部长猛克什力等，河套部落才重新归顺明朝。之后随着边境互市的开闭与明朝边塞长官的对外政策，河套地区的小规模边患又断断续续地复现了。

由于河套地区被蒙古人霸占，大明的北部边境，从此长久承受蒙古胡骑的肆虐。这都是明英宗朱祁镇埋下的祸患。