1956年10月23日，经河南省编委批准，建立河南省地方病防治所，负责全省地方性甲状腺肿、大骨节病、性病和麻风病防治工作。所址设在开封市宋门里54号。1960年10月21日河南省寄生虫病防治所撤销，併入河南省地方病防治所，增加了黑热病、疟疾、丝虫病、钩虫病等主要寄生虫病的防治任务。1963年发现豫西克山病流行后，又增加了克山病防治研究任务。1969年全所50%的职工下放基层，1970年留省人员与河南省卫生防疫站、河南省药品检验所合併成立“河南省人民卫生服务站”，归省文教卫生局领导。站内设地方病防治组，同时将原河南省卫生防疫站管理的布鲁氏菌病防治研究工作划归该组管理，寄生虫病划归防疫组。1972年3月河南省人民卫生服务站撤销，恢复河南省卫生防疫站，站内设地方病防治科、寄生虫病防治科和疟疾防治科。1979年3月13日，经河南省革委会批准，恢复“河南省地方病防治研究所”。河南省卫生防疫站管理的原河南省地方病防治研究所的业务科室重新划归河南省地方病防治研究所管理。恢复后的地方病防治研究所，设地甲病防治研究室、布病防治研究室、皮肤性病防治研究室、克大氟病防治研究室、原虫病防治科和寄生虫病防治科等科室。1985年底寄生虫病防治工作划归省卫生防疫站。1989年地方性氟中毒研究工作从克山病与大骨节病防治研究室分出，新建地方性氟中毒防治研究室。1990年皮肤性病防治研究工作划归省卫生防疫站。2001年撤销原河南省地方病防治研究所，业务工作归入河南省卫生防疫站，为卫生防疫站下设一个业务所。

地方病预防控制所承担全省地方病防治监测、科学研究、技术谘询、人才培养、健康教育、突发事件处理、信息情报、考核验收、学术交流等工作任务。设有克山病与大骨节病防治研究室、碘缺乏病防治研究室、地氟病防治研究室。现共有专业技术人员19人，高级职称8人、中级职称9人，硕士4人，大学本科13人 。

地方病实验室现有原子萤光光度检测仪、甲状腺功能测定仪、心电图仪和X光机等，能够对样本中碘、氟、砷和硒检测，并能开展甲状腺功能检测、B超检查、心电图检查和X线检查。

自2001年以来，共完成国家和省部级课题及项目21项，获厅级以上科研成果奖11项；发表专着5册，发表论文60余篇。