建所以来为全省乃至全国有效控制血吸虫病和寄生虫病作出了重要贡献，多次被省政府、卫生部评为血吸虫病、寄生虫病防治先进单位，在江苏省卫生厅、江苏省科委的领导下，肩负着全省寄生虫病防治、科研和培训的三大任务，主要开展血吸虫病、疟疾、丝虫病、肠道蠕虫病、弓形虫病等的防治、科研和技术培训。所内设血吸虫病室、疟疾室、丝虫蠕虫病室、科技部、环卫研究室、临床室、《中国血吸虫病防治杂誌》编辑部、办公室、人事科、后勤服务部等科室。

研究所自1979年起招收硕士研究生，1981年被国务院学位委员会批准为首批硕士学位授予单位，研究方向为血吸虫、疟疾等寄生虫分子生物学、免疫学和流行病学，已培养硕士研究生20余名。1989年起受卫生部全国地方病防治办公室委託出版《中国血吸虫病防治杂誌》，1989年、1992年分别两次获WHO/TDR机构加强资助，先后派出12名中、青年科技人员赴美国、丹麦、英国、日本、澳大利亚等6个国家进修或攻读博士学位，并接待来自WHO和10多个国家及地区的专家、学者参观访问、学术交流，于1998年成功地举办了由WHO组织召开的国际血吸虫病学术研讨会和培训班。从2002起连续三年承办卫生部的国际热带病防治技术培训班。分别与美国哈佛大学、路易斯安那大学、丹麦寄生虫学中心、日本畸玉医科大学开展了科研合作项目，1996年由本所与丹麦寄生虫学中心的合作被国家科委正式批准为中国与丹麦两国政府间的科技合作项目。1996年被江苏省科委批准筹建江苏省寄生虫分子生物学重点实验室，拥有从Phamacia、Bio-Rad、Backman等公司引进的一批用于分子生物学、免疫学、生物化学研究的先进仪器设备，目前承担国家"九五"攻关、总理储备基金、国家自然科学基金会、WHO/TDR及部、省级研究课题30余项。

近年来，筹资兴建了综合办公大楼、实验楼、科技报告楼，建造了环境优美、设施齐全，融科技报告、客房、餐饮、娱乐、休闲为一体的培训中心。已成为我省及全国血吸虫病、寄生虫病的业务培训基地，并多次成功举办了有WHO、国家卫生部组织的国际性学术会议和培训班。