扬州国家高新技术产业开发区前身是邗江经济开发区，2015年9月29日经国务院批准为国家高新技术产业开发区。

2001年扬州高新区开始建设，2006年被省政府批准为省级经济开发区，2012年成立了江苏省扬州高新技术产业开发区产业发展规划评审委员会，对江苏省扬州高新技术产业发展规划进行了评审并原则通过， 2012年11月，江苏省人民政府‘苏政复（2012）100号’做出了关于江苏扬州邗江经济开发区更名为江苏省扬州高新技术产业开发区的批覆。 2015年9月晋升国家高新技术产业开发区。

2016年4月16日，扬州国家高新技术产业开发区举行建设推进大会。科技部副部长阴和俊、副省长张敬华出席会议并共同为扬州国家高新区揭牌并致辞。会议由扬州市委书记谢正义致辞，市长朱民阳主持会议。

扬州国家高新区总规划面积60平方公里，北至江阳西路、南至沿江高等级公路、西至乌塔沟、东至古运河，初步形成了北园、南园、西园和汊河片区四个板块，已经建成14.8平方公里。