水陆联运清算实行发站、港一次收费的整车货物运输，铁路发站和水路起运港互相代收的运杂费，按《铁路和水路货物联运费用清算办法》的规定，路港双方进行清算。清算地点以第一换装地点当地清算为原则，换装地点是铁路分局所在地，由港务局与铁路和分局清算，不是铁路和分局听在地，其清算机构和具体手续由港务局与失路局协商确定。付港的运杂费由港务局按月提出“水陆联运运杂费结算单”连同货票乙联（清算联）向铁路清算；港付的运杂费由铁路按月提出“水陆联运运杂费结算单”连同货票乙联向港务局清算。付款的铁路分局与港务局清算后，应按发站和货物的传送目份，填制“水陆联运清算单”附货票乙联，向收款铁路分局（代收水运段运杂费）清算。具体会计分录如下：支付港务局水运运费，借记“应付帐款”科目，贷记“银行存款”科目。收回清算的水运费，借记“银行存款”科目，贷记“应付帐款”科目。