1987年，水利部中国科学院水库渔业研究所成立，同年11月，水利渔业专业委员会成立大会在安徽佛子岭水库召开。

水利部中国科学院水工程生态研究所

2004年7月，经水利部和中国科学院同意，并报中央编制委员会批准，水库渔业研究所正式更名为水工程生态研究所。

2005年1月，水利部中国科学院水工程生态研究所在武汉举行成立仪式，同年10月。水利渔业专业委员会正式更名为水生态专业委员会。

2007年4月，研究所举办的水工程生态讲坛开坛。

据2018年2月研究所官网资料显示，研究所共有在职职工150人，其中具有博士和硕士学位54人，研究员（教授级高工）16人、副研究员（高级工程师）25人。

据2018年2月研究所官网资料显示，研究所设有4个科研部门，3个技术支撑与谘询服务部门。建有分子生态学、鱼类驯育、鱼类行为学、过鱼设施等专门实验室，在宜昌中华鲟自然保护区建有野外观测试验站。设有水利部水工程生态效应与生态修复重点实验室。

实验室

研究室：水生生物学研究室、保护生物学研究室、套用生态学研究室、生态水文学研究室。

技术支撑与谘询服务部门：信息中心、实验中心（水生态监测中心）、生态技术工程中心。

据2018年2月研究所官网资料显示，研究所自建所以来，先后获得省部级以上奖励31项；专利16项。其中作为第一完成单位分别获得大禹水利科学技术奖二等奖2项，水利部科学技术进步奖二等奖2项、三等奖5项、四等奖1项，水利部长江水利委员会科学技术进步奖一等奖5项，二等奖1项，中国科学院科学技术进步奖三等奖2项，湖北省科技成果推广奖一等奖1项、科学技术进步奖一等奖1项、二等奖2项、三等奖1项，湖北省优秀新产品金鹤奖1项。近五年发表论文260余篇，其中SCI期刊收录 49篇。

沉性卵孵化器

研究所已完成项目300余项。有在研科研项目130余项，其中，国家科技支撑计画课题2项；国家自然科学基金17项（面上项目7项，青年基金10项）；水专项子课题1项；948课题1项；农业科技成果转化资金项目1项；三建委委託科研项目2项。

《水生态学杂誌》，原名《水库渔业》《水利渔业》，创刊于1981年，2008年更名为《水生态学杂誌》，并由技术性科技期刊改为学术性科技期刊。双月刊，逢单月25日出版，国内出版号：CN 42-1785/X，国际出版号：ISSN 1674-3075。

鱼种培育缸

《水生态学杂誌》为中国科学引文资料库（CSCD）源刊、中文核心期刊、中国科技核心期刊。

据2018年2月研究所官网资料显示，研究所相继与法国、美国、日本、荷兰、澳大利亚、俄罗斯、丹麦、荷兰、加拿大、德国、义大利、伊朗、缅甸等国家科研院所进行学术交流与科研合作，总计邀请外籍专家50余人，来自澳大利亚坎培拉大学河流景观实验室的青年志愿者和英国南安普顿大学博士生来研究所进行了访问研究；同时，选派科研人员14人次参加国际学术会议或到国外进行短期培训。世界鲟鱼组织在研究所设立了中心站，与法国土鲁斯大学、英国南安普顿大学、国际河流学会、丹麦环境中心、美国费罗姆学院等学术机构建立了长期的学术交流机制。

2009年，研究所承办了在中国武汉召开的第六届世界鲟鱼大会、中国-荷兰过鱼设施研讨会、中国-德国生态系统功能与生物多样性保护策略研讨会、中美生物早期预警系统套用技术研讨会、与世界自然基金会（WWF）灌江纳苗对血吸虫病扩散潜在影响及其生物防控对策的研究合作项目交流、与国际发展研究中心水库渔业研究项目交流、与欧盟联合举办水生态监测与保护培训班等。

所长：李键庸

党委书记、副所长：徐德毅

党委委员、副所长：吴生桂

党委委员、副所长：万成炎

党委委员、副所长：李德旺

副总工程师：董方勇

党委委员、副总工程师：黄道明

张坚：1988年9月-1991年5月任临时党委书记。

胡传林：1991年5月-1998年12月任党委书记，1991年5月-1994年12月任所长。

林子扬：1998年12月-2002年1月任所长、党委书记。

黄德林：2005年7月-2006年3月任所长、党委书记。

郭玉：2009年12月-2015年10月任党委书记。

常剑波：2006年3月-2009年4月任副所长并主持行政工作（法人代表），2009年5月-2017年6月任所长（法人代表）。