国家秘密的密级分为“绝密”、“机密”、“秘密”三级。“绝密”是最重要的国家秘密，泄密会使国家的安全和利益遭受特别严重的损害；

“机密”是重要的国家秘密，泄露会使国家的安全和利益遭受严重的损害；“秘密”是一般的国家秘密，泄露会使国家的安全和利益遭受损害。重要程度依次减轻，但都属于绝对不可泄漏的。

纸质档案要注意防潮、防虫、防火等等。但在信息化的当代，机要档案更多的是以电子媒介方式存储的。因此保管人员必须具备优秀的信息素质，有能力应付来自网际网路或者内部的数据入侵。做好保密工作。由于机要档案都有一定的保密年限（特殊情况下除外） 或者遇到战乱、迁移、国家安全需要等。就不得不考虑档案的处理问题：纸质档案是在监管人员的监视下 由内部人员 用碎纸、焚烧或化学腐蚀方法销毁。电子化档案则由专业的粉碎软体粉碎（国际一般通用美国CIA执行标準）。使用的是完全不可逆的粉碎算法。或者在强磁强电压下使存储介质完全被格式化，达到销毁效果。

对待机要档案，除了相关工作人员要注意档案的保密性，作为广大的爱国百姓也应该加以重视，不受非法势力的威胁或诱惑，坚决维护国家机密。

机要通信的密级标準，是机要通信的重要内容之一。制定和明确机要通信的密级标準，是机要通信正常进行的可靠保证。机要通信在解放初期被称为机要交通。1952年11月7日政务院公布了“关于机要交通的组织与工作总则”档案，对机要交通的任务和实施规定做出了明确规定，使机要交通工作有了遵循的方针和依据。该档案中规定了对机要交通的密级划分为两类。即“密件”和“绝密”。

当时由于机要交通的业务不断增长，客观形势发展趋势反映出，机要档案增加是不可避免，但从检查档案发现，其中确有相当一部分不应属于机密档案。据当时几个地区的估计，此类档案一般占全部档案的15%左右。这就相当严重的影响和损害了真正机密档案的迅速安全传递。如其任其发展下去，机要交通就会变成第二个地方邮政，也就失去了机要交通工作的意义。

为此，中共中央为公厅在1954年5月5日批准了机要交通总局的暂时规定，发出通知：把党政系统的秘密档案分类为三类，即“绝密”、“机密”、“秘密”。绝密和机密档案规定必须经由机要交通递送，一般的秘密档案（即机关一般内部往来公文，函件和发至区、乡的一般档案）可用挂号信件交地方邮政递送，以免使机要交通负担过重，反而损害党的机密。这个规定的意义十分重大，从两类分类三类，不只是数量上或名词上的变动，也不单纯为了求得和军队的档案分类一致，避免纠纷而规定的，其主要意义和秘密档案划分为三类比划分两类更加合理，对保密工作更有利，以确保绝密，机密安全传递。保密的重点是一般放在“绝密”和“机密”档案上，这样保密的目标就集中、明确。这就可以避免两种偏向：一是把真正涉及到党和国家的机密档案都看成一般的秘密档案。二是把机关中一般内部档案都看成机密，而实际上是忽视真正机密的偏向。两种偏向对保密都不利。保密如果没有重点，不分主次的想法和作法都是不对的。

1957年4月1日，邮电部接办机要通信业务以后，仍按原机要交通总局所规定的机要函件分类标準执行，为“绝密”、“机密”、“秘密”三类适用，至今保持不变。