1982年7月本科毕业于重庆大学计算机及自动化系。

1985年5月获重庆大学套用数学理学硕士学位。

1995年6月获重庆大学工学博士学位。

1997年10月至1999年9月在日本国立电气通信大学做博士后研究。

曾任重庆大学数理学院院长、软体学院院长、弘深学院院长（兼）、副校长等职。

2012年4月任九三学社重庆市委副主委。

2016年7月任重庆大学常务副校长，九三学社重庆市委副主委。

九三学社第十四届中央委员会委员。

2019年7月，任西南交通大学校长。

2017年4月19日，九三学社重庆市第五次代表大会闭幕，杨丹当选副主任委员。

2019年7月9日，教育部人事司在西南交通大学宣布了教育部党组的任免决定，杨丹任西南交通大学校长。

兼重庆大学虎溪校区管委会主任。兼任中国高等教育学会工程教育专业委员会副理事长、教育部软体工程教学指导委员会副主任委员、教育部高等学校创业教育指导委员会委员。

主要从事软体工程理论与套用、计算机套用技术、运筹学与系统工程等研究，包括可信软体、数字图像处理、调度理论及其套用、软体理论与服务计算、行业信息化等。发表学术论文100余篇，合作出版学术专着3部，承担包括国家自然科学基金、国家“863”项目以及重庆市科委重大项目等科研项目20多项。

获得过包括中国高校自然科学一等奖、重庆市发明一等奖、省部级科技进步三等奖等科技奖项。三次获得国家级优秀教学成果二等奖。