《植物分类学报》于 1951 年创办。其前身为以下四种刊物：《静生生物调查所汇报》、《国立北平研究院植物学研究所丛刊》、《国立中央研究院植物汇报》、《中国科学社生物研究所植物部论文丛刊》。《植物分类学报》是我国生物学科历史最悠久的核心期刊，代表了我国植物分类学领域的最高学术水平，在国内外有深远的影响。现由中国科学院植物研究所和中国植物学会主办、中国科学院植物研究所和深圳仙湖植物园承办。

据2018年8月《植物分类学报》编辑部官网显示，《植物分类学报》第八届编辑委员会有4位名誉主编（其中中国科学院院士4人），共有编委77人、编辑部成员3人。

编辑部

（以上各栏姓名均按姓氏以字母表顺序排序）

《植物分类学报》除ISI 资料库的 SCI 网路版（ SCIE ）和 CC （ Current Contents/Agriculture, Biology & Environmental Sciences ）以外，据不完全统计，还被以下国际和国内资料库收录 。

AGRICOLA （美国农业文献索引）、AGRIS International （国际农业文献索引）、BIOSIS、CABS （ Current Advances in Applied Microbiology & Biotechnology）、Excerpta Botanica （植物学文摘）、Index Filicum （蕨类索引）、Index Kewensis （邱园——英国皇家植物园索引）、Index to Plant Chromosome Numbers （植物染色体数目索引）、PASCAL （法国科学文摘）、Plant Breeding Abstracts （植物育种文摘）、The Kew Record of Taxonomic Literature （Royal Botanic Gardens Kew） （邱园——英国皇家植物园分类学文献录）、World Checklist of Seed Plants （世界种子植物名录）、中国科技论文统计与分析资料库、中国学术期刊综合评价资料库、中国科学文献资料库、中国科学引文资料库、中国期刊资料库、中国林业科技文献资料库、中国学术期刊 （全文库 ）、中国期刊网 （全文库 ）、万方数据资源系统 （全文库 ）、重庆维普。

1992 年 全国优秀期刊二等奖

中国科学院优秀期刊二等奖

中国科协优秀期刊二等奖

2000 年 中国科学院优秀期刊二等奖

2001 年 中国期刊方阵“双百期刊” 中国新闻出版总署中国期刊方阵

2003 年　第一届中国科协期刊优秀学术论文奖

2004 年　第二届中国科协期刊优秀学术论文奖

此外，《植物分类学报》所发表的论文多次获奖，如

1956年，首次国家自然科学奖颁布时钟补求先生以连续发表在《植物分类学报》上的《马先蒿属的一个新系统》获得国家自然科学奖二等奖。

1993 年　惟一的国家自然科学奖一等奖是以秦仁昌院士在《植物分类学报》发表的一篇文章——《中国蕨类植物科属系统排列和历史来源》为奖项全部内容而获得的。

2002 年 陈心启 先生等的“中国兰科植物研究”获国家自然科学奖二等奖。这个项目在《植物分类学报》上发表文章 48 篇，占报奖论文总数的 47.5%。