梅塞施密特的前身为巴伐利亚飞机製造厂（Bayerische Flugzeugwerke AG，简称BFW）。1916年2月MAN股份公司和几家银行买下了当时业绩不佳的奥托飞机製造厂（Otto-Flugzeugwerke），将其改名成巴伐利亚飞机公司。因为第一次世界大战的缘故，BFW立即投入飞机製造的工作，为普鲁士和巴伐利亚开发战机。然而，这其中出现许多重大的品质问题。德国飞行员时常抱怨BFW生产的飞机有许多严重的瑕疵。只有当公司于1916年年底经过管理改造和加强对生产线的监督才成功地减决了问题。BFW此后开始每个月製造200架飞机，公司的员工也成长到了3,000位，从而成为巴伐利亚地区最大的飞机製造商。

大战的终结严重冲击到BFW的业务，因为军用战机的需求大大地减低。公司的管理阶层被迫找寻其它的产品来保持他们在业界的地位。在第一次世界大战生产的战机大多数是以木头为主要原料，因为木头要比金属轻，所以BFW也有最先进的木材工厂。更重要的是公司仍然有可以生产约200架飞机的原料，原料的价值甚至达4百70万帝国马克。因此用现有的资源去生产家具和厨房设备看似是一个不错的主意。除此之外，1921年后BFW也开始製造自家设计的机车。

1921年的秋天，奥地利金融家卡米罗·卡斯提李奥尼（Camillo Castiglioni ）公开表示他对收购巴伐利亚飞机製造厂感兴趣。当大部份的股东接受他的开价时MAN公司却想保有一定的股份，但是这位金融家想要完全买下公司。卡斯提李奥尼获得巴伐利亚机械製造厂股份公司（Bayerische Motoren Werke，简称BMW ）总经理佛朗兹·约瑟夫·帕普（Franz-Josef Popp）的大力支持。帕普曾经写信给MAN公司的总裁说道：「一个死掉的工厂，它没有任何令人注意的地方，却有许多荒废的木製车间，这些车间完全不适合工业生产而且看看它们的样子，根本没办法使人提起劲来干活」。经过几次协商，MAN公司终于在1922年的秋天放弃了BFW的所有股份。在同年5月，当这位义大利出生的金融家买下了BMW后，就没有人能阻挡巴伐利亚飞机製造厂和巴伐利亚机械製造厂股份公司的合併案了。

巴伐利亚飞机製造厂于1926年在巴伐利亚奥格斯堡重组。在当时BMW还握有公司极大一部份的股权，而且佛朗兹-约瑟夫·帕普还是公司的总监事。

1927年，威利·梅塞施密特以总设计师和总工程师的身分加入了公司

在最初的几个设计中，Messerschmitt M20的结果对于设计者和公司而言是悲剧性的。有好几个原型机发生事故而坠毁，其中一起事故夺走了汉斯·哈克曼的性命，他是汉莎航空和德国帝国航空部首长艾尔哈特·米尔希的挚友。米尔希对梅塞施密特漠不关心的态度感到愤怒，导致了日后他对这位航空製造业的先驱怀恨在心。米尔希最终取消了所有有关梅塞施密特的契约，以至于最后公司不得不在1933年申请倒闭。然而，因为德国的实施军备重整和跟雨果·容克的友谊让威利·梅塞施密特没有在事业上停滞不前。他在1933年带领BFW重新振作了起来。米尔希虽然儘可能阻碍威利·梅塞施密特的脚步，但是这位传奇航空设计家还是于1938年接管了公司。

梅塞施密特博士提倡一种叫做“轻重量结构”得一种概念。在这一理念下，有许多负重物件被整合成一个经过加强的硬体。这样子就可以减轻许多重量进而增强效能。第一架根据此概念设计出的飞机是“Bf 108颱风式”，这架飞机马上就创造了许多飞行纪录。因为此一卓越表现，巴伐利亚飞机製造厂受到了德国官方的邀请。威利·梅塞施密特用Bf 108颱风式的特点设计出了Bf 109战斗机，赢得了德国空军在1935年举办的竞赛。

从此之后，梅塞施密特成为了纳粹德国的新宠儿。在1938年7月11日巴伐利亚飞机製造厂重新整合成为梅塞施密特股份公司（Messerschmitt AG）。至此飞机名字字头的缩写也从原来的“Bf”（巴伐利亚飞机製造厂的缩写）变成了“Me”（梅塞施密特的缩写）。

在第二次世界大战中，梅塞施密特公司成为了德国空军最主要的飞机供应商，提供的飞机包括着名的Bf 109战斗机和Bf 110战斗机，这些飞机都成为了德国空中力量的主干。还有其他的机型如Me 321滑翔运输机和后来的六引擎版本Me 323运输机。当战事进行到后半部的时候，梅塞施密特转而研发喷射发动机为动力的飞行器，并研发出史上第一架服役的喷气式战斗机－Me 262战斗机。公司也製造了由德国滑翔机研究所（德语：Deutsche Forschungsanstalt für Segelflug）所研发的一架用火箭驱动的飞机－Me 163战斗机「彗星」（德语：Komet）

梅塞施密特也有几个较为失败的作品，比如Me 210重型战斗机。这架本来要取代Bf 110战斗机的飞机，却因为本身的缺陷差点导致公司解散。直到Me 410重型战斗机的出现才把问题给解决，但是不久梅塞施密特就把注意力放在了生产Me 264上了。在战争即将结束之际，梅塞施密特公司还着手研发名为“轰炸美利坚”的Me 264轰炸机。

二战结束后梅塞施密特公司被禁止製造航空器。结果公司转而生产迷你车（德语：Kabinenroller）KR175/KR200系列。根据一些都市传说，这些车都是用飞机的零组件製造的。这个传说并不正确，但是它们的确是由飞机设计师佛里茨·芬特所设计出来的车辆，所以算是跟飞机有着表兄弟的关係。这种车在电影《妙想天开》出现过，引起了热烈的迴响，甚至连猫王也有一辆。

迷你车的设计主要是源自于佛里茨·芬特的构想，梅塞施密特博士除了在产品上挂名外几乎跟这些车的设计没有任何关係。从产品的设计可以看得出来，飞机对芬特的影响是十分巨大的。KR200有着纤细的身躯和富有空气动力学的设计，更重要的是它有着极高的效能，用一个200cc的发动机就能跑出100km/h的极速。

1968年6月6日梅塞施密特股份公司与一家民用航空公司伯尔科合併，成为梅塞施密特-伯尔科。同年5月再买下汉堡飞机製造厂（HFB），布洛姆-福斯的航空部门。 公司再次更名为梅塞施密特-伯尔科-布洛姆（Messerschmitt-Bölkow-Blohm，简称MBB ）。 于1989年MBB被戴姆勒克莱斯勒太空公司（当时称作德国航太公司）给併购，最后成为欧洲航空防卫暨太空公司