林氏谊公子孙当即捐舍田地三顷五斗以护道场，陆续有林、黄、何等姓施主舍田六顷。贵公，法名铙昭，系本寺开山祖师，因其修性悟道，以至寺峰之上呈现紫云罩顶并与殿堂霞辉相映，故此改茅庵名“紫云庵”，并抒诗一首：“郁郁紫云堆，常盖清净地，谁知一旦功，谓作千年计。”祖师圆寂之时，乃六月仲夏，天气虽然炎热但其肤色不变。后人有偈诵：“紫云腾气碧霄中，总是精蓝我佛风，世上尘劳皆泡幻，翻身直上祝融峰。”其衣钵之承者乃自温州而来，禅名“宝觉”，系林氏宗人，沿古官道行至寺峰岭口见环山之内山清水秀、白鹤翔飞，坑源内桃红遍野，又闻井钟自鸣，心中诚悟此处乃桃源仙境、灵山佛国之祥也，于是改称寺峰为鹤峰，并遂将原祖师所结之茅庵空置保留，而在其右侧建造寺宇。

唐代三大名僧之一山谷和尚（俗姓郑，长溪县人）曾在慈云建寺初期即到本寺出家具戒，山谷和尚博通经论，长于讲述百法。他原久居浙江舒州三祖塔，后得保福和尚密传心印，漳州太尉钦仰其道行，邀他前往弘扬佛事，不久离漳州，历游皇都，得皇帝赐号“山谷”，成为一代名僧。

迨至宋太宗兴国年间，寺主认为本寺曾出祖师，而且建寺事大，于是亲自请封寺额牌匾，朝廷认为：“紫云乃帝王之瑞气，故将紫云二字，更换为慈云，此名：鹤峰慈云”。

宋徽宗大观四年（公元一一一〇年），和尚立尊重新募缘扩建寺宇，至政和元年（公元一一一一年）即工备事完，从此该寺进入鼎盛时期，僧众日增，西乡大地贤良、善信云集，敬信于此。后因朝纲及民间等事，寺中因缺供奉，一度僧散寺废，沿至元朝大德十一年和尚丁悦住持，寺院有所兴旺。

道光十九年（公元一八三九年）十二月一夜间，主持僧心静、佣工林长贵不小心大火，寺宇被烈火化为灰烬，两年后即道光廿一年，住持重新募建古寺。

慈云禅寺自唐朝昭宗大顺元年初结茅庵至今已有千年历史，虽因寺后山古官道荒废，地处偏僻，故对该寺知者渐少，但依然不失“灵山佛国”之美誉。

现任住持传义法师，秉承汉传佛教优良传统，探求佛法真实意趣，带领僧团共同为“人间佛教之佛法正见”的普及贡献一份力量。