1949年，唐崇惕进入福建协和大学（1950年福建协和大学与华南女子文理学院合併，成立福州大学）生物学系学习。

1953年，由于高等学校院系调整，原福州大学改名为福建师範学院，其中福州大学生物学系合併到厦门大学，按规定，唐崇惕要到厦门大学读四年级，但是她选择继续在福建师範学院生物系读完四年级。

1954年，唐崇惕从福建师範学院生物学系毕业，但是毕业时发的毕业证书是厦门大学理学学士。大学毕业后，在华东师範大学生物系（今华东师範大学生命科学学院）工作，担任张作人教授的助教。

1957年，唐崇惕调回母校福建师範学院工作，先后担任生物系助教，讲师。

1964年，唐崇惕开始研究与人类关係密切的寄生虫种类。

1972年，唐崇惕调到厦门大学工作，先后担任生物系讲师、副教授、教授。

1985年，唐崇惕被国务院评定为博士生导师。

1986年，唐崇惕受美中学术交流委员会和美国科学院的邀请作为国家交换访问学者讲学访问美国三个月，共六个公司（机构）。

1991年，唐崇惕当选为中国科学院学部委员（院士），同年受日本国家科学促进会的邀请，讲学访问日本三个月，共三个公司（机构）。

唐崇惕主要从事研究与人类关係密切的寄生虫种类，包括植物寄生线虫；经济动物（贝类、家禽、家畜等）、人体及人兽共患的各种寄生蠕虫病原，着重阐明各寄生虫病原种类的全程生活史的发育，各发育世代的生物学特点，以及它们生命过程所需的各中间寄主（传播媒介）的种类；各病原在流行区生态环境中生存，散播和流行的规律；病原各发育阶段与宿主的关係及环境因子的关係；人和各动植物宿主受感染的季节和地点。

唐崇惕的主要成果有：阐明了日本血吸虫在终末宿主体内异位寄生的原因和机理，并提出预防措施研究婴幼儿绦虫病，发现婴幼儿西里伯绦虫病的传播媒介是人居处的一种食肉性蚂蚁，阐明了本病原的全程生活史及婴幼儿防病方法发现呼伦贝尔草原多房包虫病病原及当地中间宿主鼠类；阐明了家畜牛羊胰脏吸虫和肝脏双腔吸虫的生活史各发育期，传播媒介的种类及它们在我国各流行区的流行规律；阐明了中国南方沿海经济贝类各吸虫病原的生活史及预防对策。

截至2014年4月，唐崇惕发表科学论文100余篇。其中与唐仲璋教授合着的《人畜线虫学》于1999年获教育部二等奖，《中国吸虫学》于2006年获华东区着作一等奖。

自1978年至2003年获国家科技奖13项，其中国家科学大会科学奖一项、国家自然科学奖三等奖二项、四等奖一项，部、省级一等奖两项，部、省级二等奖五项，三等奖二项。

在人才培养上，唐崇惕注重培养学生独立的实践能力和勇于创新的精神。她善于引导研究生独立完成毕业论文，给他们压担子，让他们得到锻鍊，在实践中成长成才。唐崇惕积极推进素质教育，形成了一套培养学生的成熟经验。她对研究生毕业论文的质量要求十分严格，做不好必定要返工，甚至是延期毕业。在业务上对学生要求严格的同时，她还要求学生“德才兼备”，并经常告诫学生：绝不可以有“海盗”行为。她注重培养学生树立正确的世界观、人生观、价值观。她在《寄语我的研究生》一文中写道：“我希望我的研究生能了解我国的历史，尤其是近代史，了解我国过去受到列强欺凌以及建国以后“一穷二白”的情况，能够更加珍惜我们的今天。”她时常教导学生：你们的事业在祖国，只有祖国才是科学家的根基和归宿。让学生认準出国深造，是为了替国家增光的人生坐标。

截至2014年4月，唐崇惕一共培养了硕士研究生49人，博士研究生29人，博士后5人，进修生约15人。

唐崇惕的父亲唐仲璋是着名的生物学家，也是中国科学院生物学部学部委员（院士）。

唐崇惕在福建协和大学生物系读书期间因病休学一年。

唐崇惕培养了一批又一批本科专业人才，充实了中国寄生虫学领域的师资队伍。她的人品、人格，为科学奉献的精神，对国家和人民的深厚感情和对学生的关爱和严格要求，让学生们为之感动和钦佩。（细胞应激生物学国家重点实验室评）

2009年，唐崇惕为母校福建师範大学的百年校庆题词：“恭贺福建师範大学百年校庆，继续为科学教育兴国和发展技术生产的宏伟事业培养更多优秀杰出人才。”

2012年，福建师範大学协和学院袁勇麟院长拜会唐崇惕院士时，唐崇惕就为协和学院题词“协和精神薪火相传，乐育英才继往开来”，并为袁勇麟主编的《百年协和》题写书名。

2016年4月，厦门大学唐崇惕教授和厦门大学博士生导师林宇光教授向福建师範大学协和学院图书馆捐赠图书资料近200件。