贯彻执行上级有关水路运输管理、港口行政管理的政策和法规；负责水路运政、港口行政管理，维护水运、港口行业平等竞争秩序；参与港口规划的研究与拟定；负责水路运输、水路运输服务及境外航商代表机构等辅助性业务的行业管理；负责港口、引航等港口辅助业的行业管理；负责水路运力调控及航线的管理；按规定管理和监督企业经营性收费项目和价格；负责港口从业人员的培训管理；负责组织协调和实施水路重点物资、军事、防洪抢险等紧急客货运输和疏运工作；负责水路运输、港口信息汇总和管理工作；协助查处水上走私及“三乱”违法行为；协助主管科室实施水运和港口行业的安全生产管理工作。