在国家海洋局第二海洋研究所近40年海洋科研工作的基础上，按照面向国家社会经济发展主战场、推动海洋经济快速发展的要求，通过全体人员的艰苦努力，“工程院”已发展成为一个专业门类齐全、设备先进、技术实力雄厚、享誉国内外的综合性海洋工程勘察、设计、研究与技术谘询的专业机构。技术谘询服务领域包括海洋测绘与GIS、海洋工程物探、工程地质、灾害预测预报和防治、土木工程试验检测、工程水文气象、工程泥沙及河口航道整治、遥感套用、环境影响评价、海岸与离岸工程设计研究、海洋开发规划和经济研究等。

精良的设备加上专业门类齐全的高素质技术人员构成了“工程院”雄厚的综合实力。“工程院”拥有各类技术人员百余人，其中教授级工程技术人员18人，高级工程师30余人。

依託于国家海洋局第二海洋研究所工程海洋学重点实验室，“工程院”将海洋工程套用基础研究和工程技术谘询服务紧密结合、协调发展，取得了一批享有国内外影响的原创性成果。近年先后承担完成国内外各类项目500余项，其中20余项获国家、省部级科技进步奖，11项获省、部级优秀海洋工程勘察设计奖。

2004年，杭州国海海洋工程勘测设计研究院被评为全国海洋系统先进集体。