民国时期中山县政府设有机构管理交通，建国后的中山县人民政府于1959年12月首次成立中山县交通局，此后多次撤销合併直至1972年正式恢复。1984年3月，中山撤县改市后，中山县交通局定名为中山市交通局。1988年9月1日，随中山市升格为地级市，中山市交通局由科级局升格为处级局。
改革开放以来，交通局职能多次调整。1986年12月，中山交通监理所成建制从交通局移交给中山市公安局管理。1990年，广东省中山公路局下放地方，定名为中山市公路局，归口交通局管理。1997年12月，交通局下属的中山市航道管理总站与原粤中航道局中山航道分局合併成立中山航道局，正处级单位，实行省与地方双重领导以省为主的管理体制。2000年，接受交通局管理的中山港务监督与广东省船舶检验局中山分局合併成立“中华人民共和国中山海事局”，直属广东海事局领导。2001年7月17日，中山市公路局成为市政府直属事业单位。2001年11月交通局全面完成59家授权企业、93家独立企业法人单位的改制任务，在全省交通系统率先实现“政企分开”。
2002年8月成立市港航管理局，牌子挂在市交通局，2006年11月，根据市机编委[2006]71号档案，交通局内设执法监督科，加挂“中山市交通局综合行政执法局”牌子，统一行使中山辖区内的公路运政、水路运政、公路路政、航道行政、港口行政、交通规费稽查等方面的行政执法职责。

2007年8月3日，中山市交通发展集团有限公司正式挂牌成立，全市干线公路的具体建设职责由设在交通局的市交通建设指挥部移交到交通集团。2008年4月30日，市机编委批覆同意在市交通局办公室加挂信息科牌子。同意增设市交通局综合行政执法局水上交通检查站和机动大队，副科级建制。

2008年5月8日，市机编委批覆同意镇区交管所升格为交通分局，港航所更名为港航分局，其中火炬开发区交通分局为正科级建制，其余23个镇区交通分局为副科级建制。

2010年4月20日，中山市交通运输局挂牌成立，2010年5月，市机编委批覆中山市交通运输局内设办公室（挂信息科牌子,与财务审计科合署）、规划建设科、运输管理科、公共运输管理科、车辆技术管理科、港航管理科、安全监督科（挂应急办公室牌子）、人事科（与法制科、纪检监察室合署）8个科室，行政编制34名。

（一）将原市交通局（市港航管理局）的职责划入市交通运输局。

（二）将市公路局调整为由市交通运输局管理的事业单位，其原下属的事业单位随市公路局一併划归市交通运输局管理。

（三）取消和调整已由市人民政府公布取消和调整的行政审批事项。

（四）取消公路养路费、航道养护费、公路运输管理费、公路客运附加费、水路运输管理费等五项交通规费的管理职责。

（五）加强综合运输体系的规划协调职责。

（六）加强统筹区域和城乡交通运输协调发展的职责。

（一）贯彻执行国家、省有关交通运输工作的方针政策和法律法规，结合我市实际组织拟订全市交通行业发展战略、规划以及方针政策、管理办法、中长期计画和年度计画并组织实施；参与拟订全市物流业发展战略、规划，组织实施交通运输行业有关体制改革工作。

（二）组织涉及综合交通运输体系规划的编制工作，并会同有关部门组织实施。

（三）负责交通基础设施建设的行业管理。负责组织公路、水路交通运输基础设施建设、管理和维护，负责交通运输基础设施工程质量、安全生产及造价的监督管理工作。

（四）承担道路、水路运输市场监管责任。负责道路运输、水路运输、公路路政、港口行政的监督管理工作；负责水路运输、船舶代理、外轮理货、港口引航、港口及港航设施使用岸线布局的行业管理；配合有关部门加强公路、水路、港口交通无线电管理工作。

（五）负责本市道路旅客运输、货物运输（含危险货物运输）、道路运输相关业务包括客货运站场、公共汽车和计程车、轨道交通的行业管理工作；负责机动车维修、机动车驾驶培训的行业管理。

（六）协调、参与交通建设资金的筹集，负责政府拨款的公路建设资金的管理和监督；负责全市公路（桥樑）通行费收费站（点）和公路稽查站的监督管理；承担实施机动车辆路桥通行费年票制的组织协调和监督管理工作。

（七）根据交通行政管理法律、法规、规章，具体行使辖区内的公路运政、水路运政、公路路政、航道行政、港口行政、交通规费稽查等方面的行政执法职责；对公民、法人或者其他组织遵守交通行政管理法律、法规、规章的情况进行监督检查，依法纠正和查处有关违法违规行为，并对违反交通行政管理秩序的行为实施行政处罚。

（八）指导交通运输行业安全生产和应急管理工作；组织实施重点物资和紧急客货运输；参与公路、水路有关交通战备工作。

（九）组织、协调和参与公路、水路交通行业利用外资工作，开展对外交流与合作工作。

（十）实施交通行业科技政策，组织重大交通科技项目攻关；指导交通运输行业信息化建设，指导、监督交通行业技术标準和规範的实施，指导公路、水路行业环境保护和节能减排工作。

（十一）承办市人民政府和上级部门交办的其他事项。

余锡盆：党组书记、局长，主持局全面工作；

黄金贺：党组成员、副局长，分管法制科、应急管理科、执法案件审理科、执法五科；

柳生林：党组成员、副局长，分管办公室（信息科）、人事科、机关党委、交通信息中心、局驻肇庆市大林村工作队，协调各镇区交通分局工作；

伍曦宇：党组成员、副局长，分管财务审计科、车辆技术管理科、审批服务办公室,协调机动车驾驶员培训行业协会和机动车维修行业协会工作；

李桂阳：党组成员，市纪委监委派驻市交通运输局纪检监察组组长；

廖鹏：党组成员、副局长，分管港航管理科、执法四科、港航分局；

何建军：党组成员、副局长，分管路政管理科（交通战备办公室）、执法二科、市交通工程事务中心、地方公路管理总站（桥樑养护管理所）；

曾伟战：总工程师，分管综合规划科、基建管理科、交通发展研究中心；

郭景安：副处级干部，分管道路运输管理科、公共运输管理科、执法一科、执法三科,协调交通运输行业协会工作；

甘卫民：副调研员，协助郭景安同志开展工作。

根据上述职责，市交通运输局设8个内设机构：

（一）办公室（挂信息科牌子,与财务审计科合署）

组织协调局机关政务工作；负责本局文秘、信访督办、建议提案办理、信息、宣传、档案、保密、机要、综合调研、外事接待、机关保卫、会议组织以及基建和固定资产管理、机关行政后勤工作；负责交通运输信息系统的规划、建设和套用工作，推进交通运输行业信息化进程，负责OA系统、部门网站等信息平台系统的日常管理和维护。贯彻执行财政法规、制度，编制并执行部门预算方案；负责交通经费、专项资金、行政事业性收费的财务管理工作；负责局机关和直属单位的内部审计工作；监管直属单位资产；承担市委、市政府和上级部门交办事项的督促落实。

（二）规划建设科

负责交通基础设施建设综合管理工作；负责编制本市交通基本建设的中长期发展规划和年度计画；会同有关部门组织制订本市交通基建行业规章、标準、规範、定额等；承担交通基础设施建设项目前期工作及有关规划的审核及上报工作；负责市管交通建设项目设计、施工许可审查审批和省管项目设计、施工许可审批初审工作；负责专用公路规划审查；负责交通建设工程（公路、桥樑、水运工程）设计、施工、监理、谘询单位资质审查；核准交通建设工程招标档案及审核招标结果；组织交通建设项目竣工验收；参与拟订物流业发展规划；组织重大交通科技项目申报、攻关并促进成果推广；维护交通基础建设市场的平等竞争秩序；负责交通行业统计、预测、信息引导工作。

（三）运输管理科

负责道路旅客运输、货物运输（含危险品运输）、运输服务及客货运站场管理工作，维护道路运输行业平等竞争秩序；组织实施重点物资和紧急客货道路运输；拟定道路客货运输站（场）建设计画；指导我市道路运输行业环保和节能减排工作；承担道路运输物流市场有关管理工作；指导市交通运输行业协会的相关工作。

（四）公共运输管理科

负责市内客运、公交、计程车运输、轨道交通等公共运输的行业管理工作；贯彻国家、省、市有关公共汽车和计程车客运管理的法律、法规和规章；制定市内客运和计程车客运的管理规定并监督实施；制定道路运输服务质量考核办法，完善监管机制；组织计程车经营权招投标。

（五）车辆技术管理科

负责机动车维修、机动车驾驶培训的行业管理；负责行业从业人员培训工作的管理，核发行业从业人员资格证书；规範和协助监督客货运输业车辆技术管理；委託并监督汽车综合性能检测站对车辆二级维护竣工检测和技术等级评定；指导市机动车维修与驾培行业协会工作。

（六）港航管理科

负责编制全市港口基本建设中长期发展规划和年度计画；负责水路运政和港口行政管理；组织实施水路重点物资、军事、防洪抢险的紧急客货运输；拟定全市水路运输、港口行业发展计画；负责水路运输、水路运输服务及船舶代理等辅助性业务和港口引航等港口辅助业的行业管理；负责对港口公用基础设施的监督管理；负责组织徵收港口货物港务费；负责港口及港航设施使用岸线的审查；负责港口建设项目设计审批审查；负责组织港口建设项目竣工验收；负责海员出境审查；负责乡镇渡口的行业管理；指导市交通运输行业协会的相关工作。

（七）安全监督科（挂应急办公室牌子）

贯彻执行国家、省、市有关交通行业安全生产的法律法规和方针政策；监督、指导全市交通行业的安全生产和综合治理工作；开展交通安全生产的宣传教育，负责交通行业安全生产信息、统计工作；参与重大交通基础设施质量安全事故及交通行业相关事故的调查处理。

（八）人事科（与法制科、纪检监察室合署）

负责局机关及指导直属单位的党务、人事、机构编制、教育培训、劳动工资、社会保险、外事、老乾、工青妇、计画生育工作；协助有关部门组织、指导专业技术资格评审和交通工种技能鉴定、等级考核工作；指导交通行业精神文明建设工作。组织、协调拟订本局规範性档案；负责行业法规的解释、清理和彙编工作；承办交通行政处罚案件的核审、行政複议、行政诉讼和行政赔偿案件；组织行政处罚听证和开展行政执法监督、执法调研工作；负责组织普及法律知识教育与普法宣传；负责交通行政执法证的管理以及执法人员岗位培训。负责交通系统纪检监察工作；贯彻落实党委、政府关于加强党风廉政建设和行政监察工作的决定，维护党的章程和其他党内法规；负责调查和处理党组织和党员、干部违法违纪案件，做好有关来信来访工作；负责交通行业公路、水路“三乱”的治理工作；协助有关部门抓好行风建设；承办上级纪检监察机关交办的事项。

(一)综合运输体系建立

市交通运输局会同市发展和改革局等部门建立综合运输体系协调配合机制。市交通运输局会同有关部门组织拟订、编制综合运输体系规划，承担全市涉及综合运输体系规划有关重大问题的协调工作。市发展和改革局负责综合运输体系规划与国民经济和社会发展规划的衔接平衡。

（二）与市水务局的职责分工

市交通运输局兴建交通设施涉及水利方面的事项，应当事先徵求市水务局的意见。市水务局兴建水利设施涉及公路航道运输的事项，应当事先徵求市交通运输局的意见。

（三）交通战备办公室

市交通战备办公室是市国防动员委员会的办事机构，主管全市国防交通战备工作，设在市交通运输局。其主要任务是：贯彻执行国家和省有关交通战备工作的方针、政策和措施；拟订国防交通保障计画；负责全市国防运力动员和运力徵用；制定和实施本市的国防交通物资储备计画，组织国防交通物资的调用；组织指导交通战备演练，参与有关国防交通工程设施的勘察、设计鉴定、工程监理和竣工验收工作。

（四）交通运输局综合行政执法局

交通运输局综合行政执法局为市交通运输局直属行政执法机构，正科级，承担根据交通行政管理法律、法规、规章，具体行使辖区内的公路运政、水路运政、公路路政、航道行政、港口行政、交通规费稽查方面的行政执法职责；对公民、法人或其他组织遵守交通行政管理法律、法规、规章的情况进行监督检查，依法纠正和查处有关违法违规行为，对违反交通行政管理秩序的行为实施行政处罚。

（五）派出机构

1、在24个镇区设立交通运输分局，开发区分局为正科级建制，其他分局为副科级建制，定名为“中山市交通运输局XX分局”，加挂“中山市交通运输局综合行政执法局XX分局”牌子。市汽车总站、市小榄车站、市城南汽车客运站驻站交管所由属地交通运输分局管理。镇区分局主要职责是：负责辖区内交通行政管理日常工作以及相关行政许可的受理、审核、发证；受市交通运输局的委託，行使辖区内的公路运政、水路运政、公路路政、航道行政、港口行政、交通规费稽查等方面的监督检查，执行市交通运输局的处罚决定。驻站交管所主要职责是：负责客运站和进站营运车辆的监督检查和行政处罚，监督指导客运站安全运输工作；宣传道路运输政策法规；指导客运站做好站场管理工作。其机构编制另行核定。

2、在中山港、小榄港、神湾港分别设立港航管理分局，正科级建制。定名为“中山市港航管理局XX分局”。主要职责是：负责辖区内水路运政、港口行政等日常管理工作以及相关行政许可的受理、审核。