1991年11月太湖局商无锡市政府同意，设立太湖监测管理研究中心（即监测中心的前身）。1993年设立太湖流域水环境监测中心；1995年太湖监测管理研究中心更名为太湖监测管理处（正处级），为太湖流域管理局直属事业单位，太湖流域水环境监测中心与太湖监测管理处合署办公，实行二块牌子、一套班子管理体制；1998年成立太湖流域水文勘测队，与太湖监测管理处合署办公；2001年成立太湖监测管理处水政监察支队，初步确立了监测中心为太湖局的基层单位，职能涉及水环境监测、水文测验和水政监察等；2002年底，随着太湖局机构改革工作的实施，太湖监测管理处更名为水文水资源监测局（正处级），监测中心工作重心从原先的单一水质监测逐步向水量水质监测并重转移，并通过参与流域重大规划研究等工作，逐步加强技术分析研究和队伍能力建设，初步具备了为太湖局防汛抗旱、水资源保护、水资源调配等水利管理工作进行技术服务的工作能力；2012年10月太湖局印发新“三定”，水文水资源监测局更名为太湖流域水文水资源监测中心（太湖流域水环境监测中心），为太湖局水文局（信息中心）直属事业单位。

根据太湖局《太湖流域水文水资源监测中心（太湖流域水环境监测中心）主要职责机构设定和人员编制规定》，监测中心的主要工作职责为：

1、根据授权，负责水文行业监督管理工作。参与流域水文事业发展规划的编制工作。

2、依法开展流域重要河湖水文水资源监测；承担流域重点水功能区、重要供水水源地及跨流域调水的水量水质监测；承担流域省市行政区域边界水域和主要入太湖河道控制断面的水环境质量监测。

3、承担水文水资源应急监测，参与流域重大突发水污染、水生态事件调查评价工作。

4、负责流域水资源质量监测机构质量管理监督检查和考核工作；指导流域水资源质量监测技术工作。负责水资源质量监测资料整彙编。

5、根据授权负责管辖範围内取水许可、水文监测设施和环境保护违法事项的水行政执法与取退水监督检查水政监察工作。

6、负责水文基地及直管水文测站的运行管理；承担共建水文测站的管理。

7、负责水情年报的编制工作，承担流域水资源公报与质量年报的编制工作；承担水文水资源调查评价和有关重大建设项目水资源论证、洪水影响评价、水土保持监测等工作。

8、承办上级交办的其他工作。

目前，监测中心在岗人员为52人，其中教授级高工1人、高级职称7人、中级职称18人；有研究生学位12人、大学本科学历19人，技术人员全部具有大专以上学历，专业配置较为齐全，相关专业为水文、水资源、环境工程、环境化学、化学分析、规划、高分子化学、水利工程、水文地质、管理工程、计算机、测量、电气自动化、财务管理等。

监测中心内设机构：办公室（人事科）、计画财务科、水资源科、水文科、质量监督科、水质分析科。

水政监察机构：水利部太湖流域管理局直属太湖流域水文水资源监测中心水政监察支队。

监测中心以加强水文现代化建设、增强水文水资源监测能力、完善基础设施建设、提高信息化程度、改善工作条件为目标，不断加大基础设施建设和能力建设力度。近几年，监测中心充实调整监测站网，建设流域水环境监测实验室、水文基地、国家重点水文站、太湖风浪测量站、水量水质自动监测站、移动实验室和水资源移动监测船；配置飞行时间质谱仪、电浆质谱仪、气相色谱质谱仪、液相色谱仪、离子色谱仪、流式细胞仪和连续流动注射仪等有毒有机、重金属检测、水生态监测和移动监测等各类仪器设备100多台套，能够快速及时的採集、分析水质指标，较好地满足了流域水文水资源监测工作的需求。