浙江省水资源监测中心成立于1978年3月，前身为浙江省水文总站水质监测科。1992年10月根据浙江省水利厅的《关于成立浙江省水资源监测中心的通知》（浙水人[1992]字第379号），成立了浙江省水资源监测中心，1996年3月根据水利部水文司《关于水环境监[检]测机构计量认证网点定名的通知》（水文质[1994]28号文）的要求，更名为浙江省水环境监测中心（网点）。同年5月，通过了由国家计量认证水利评审组的计量认证评审，8月，获得国家技术监督局颁发的计量认证合格证书。2001年7月通过了国家计量认证水利评审组的複查评审。2005年5月，根据浙江省机构编制委员会办公室《关于印发〈浙江省水文局机构编制方案〉的通知》（浙编办[2004]13号）精神，并报请中国国家认证认可监督管理委员会批准，浙江省水环境监测中心更名为“浙江省水资源监测中心”。2006年9月再次通过了国家计量认证水利评审组五年一度的複查评审。