秦教授在癌症早期发现方面有多项发明，如秦氏隐血珠、隐血初筛肿瘤自查盒，早诊液初筛食管癌、胃癌，及简易线管食管拉网器，秦氏穿刺活检针，以及用鼻毛涂抹法初筛普查鼻咽癌，痰隐血法初筛普查肺癌等。2001年在江苏省扬中市科研成果监定会上，当地资料证明20年前一次胃隐血珠初筛普查食管癌、胃癌，10年后随访普查组与对照组癌发病率仍然有显着性差异，说明隐血珠不仅能初筛普查癌，还能提前10年预报高危人群，有很高实用价值。1994年被卫生部科技司评为十年科研百项成果，向全国农村和基层医疗单位推广，目前已在全国300多个县市套用。在清华大学，北京大学，首都钢厂等单位开展多项空腔脏器肿瘤筛查，至今在全国已筛查1600多万人，胃镜、鼻咽镜、X光精查百万人，检出癌近万人，癌前病变近10万人，2/3是早中期癌，手术治疗5年存活率达到93.3%。秦氏肿瘤初筛自查盒、秦氏线管食管拉网器、秦氏活检穿刺针（全身各部位穿刺6千多人次，肺癌穿刺2千多人次）在肿瘤筛查方面居国内领先地位，在国内一些医院推广套用，并有多家医院发表文章报导,相继有80多篇套用成果的论文发表。

在放射治疗方面，秦教授总结1379例鼻咽癌治疗经验，以及上颌窦癌、下咽癌等疗效分析与改进，在放疗与热疗、化学治疗方面也有多篇研究论文。在脑胶质瘤治疗方面,着重于血脑屏障研究，首先在脑肿瘤病人中进行了15年三阶段系统研究：第一阶段,用脑扫描方法证明放射剂量影响血脑屏障开放程度,先放疗能打开血脑屏障;第二阶段，证明照射20~40Gy后血脑屏障开放到最佳壮态,是化疗最佳时期; 第三阶段，套用于临床实践,在实验组脑胶质母细胞瘤放射到20Gy时加上烷化剂,常规组不加化疗药, 实验组比对照组5年生存率高出4倍多。血脑屏障系列研究论文多次在欧美国家及我国重要医学期刊上发表,受到广泛好评。

秦教授在国内外期刊上发表论文130余篇，在美、英、意等期刊上以第一作者署名发表的有创新论文24篇。获11项专利和7次中国医学科学院协和医科大学科研成果进步奖,以及中国初级卫生保健基金会扶贫先进个人突出贡献奖。由于秦教授在医疗科研上贡献突出，享受国务院发给的政府特殊津贴。