最初的孔氏家谱，只是以抄本传世，记载世袭奉祀的宗子名字。北宋元丰八年（1085年），官居朝议大夫的孔子四十六代孙孔宗翰深感个别抄本易于散失，而且每代仅录一人，使家族中许多贤达之士未能载入史册，年代久远后必被湮没，决定广收资料，创修孔氏族谱。这是孔氏宗族的第一部族谱，将本族嫡系及支庶一併收入，正式镂版印刷。

孔宗翰之后的四百年间，宋、金、元历朝更替，屡值兵燹战乱，其间孔氏谱牒虽曾进行过重修，但没有正式刊刻。明代弘治二年（1489年），才又一次组织重修并付印。这次重修的族谱接受以往濒于失传的教训，特对修谱之事作了文字上的规定：此后族谱“六十年一大修，三十年一小修，大修以甲子为期”。按此规定，应当在嘉靖四十年（1561年）左右修谱，但由于种种原因，修谱工作比规定时间向后拖了六十多年，直到天启二年（1622年）才纂修族谱，这距上次修谱已有133年的时间。而后的康熙、乾隆朝的甲子年均按时修谱，但乾隆甲子（1744年）负责修谱的是孔继汾，他后来因被告触犯了清朝《会典》而陷入文字狱，充军到新疆伊犁。在以后的一百多年里没有再大修过族谱，直到民国九年（1920年）倡修全族大谱，经土7年努力，在民国二十六年方大功告成。这部民国族谱是最大规模的一个孔氏全国合族大谱。

北宋元丰及明弘治年间所修的孔氏族谱，久已亡佚，现在能看到的只有天启、康熙、乾隆和民国所修的四部。从这四部族谱的纂修人员的设定来看，可以发现，随着世代推移，修谱机构的设定规模逐渐扩大。

为确保修谱工作的顺利进行，衍圣公府建立了一整套严密的组织机构和人事安排，如乾隆九年（1744年）修谱时，设立鉴定一人，由衍圣公担任；监修二人，由三品执事官和世袭翰林院五经博士担任；提调二人，由正一品荫生候选员外郎和曲阜县世职知县担任；以下编次、掌收、校阅、誊录、督刊、收发等职，也是各由四品执事官、候选州同知之类有官职者及有科名的人员担任。到民国时期最后一次大修时，衍圣公孔德成主持，专门设立了“曲阜全国孔氏合族修谱办事处”（简称“谱馆”，古时称：“纂局”），孔德成任总裁，由族长孔传蜻等三人主持日常工作，谱馆有职员66名，另有一些勤杂员役。

修谱时，衍圣公府要先行制订条规、颁布榜示，制订统一格册和修谱誓词。然后择吉日举行仪式，告庙致祭后，各执事人员进入修谱的专设机构纂局内办公。族谱纂修完成，要在孔庙举行隆重的告祭仪式。各户族众按规定领到新谱后，即将旧谱交至族长，立即焚瘗。如有失落旧谱者，即声明，该户头户举出具证明，刻附谱后。

50世祖华胥氏

49世祖伏羲(配女娲)

48世祖少典

47世祖黄帝(姬轩辕)

46世祖少昊(又名玄嚣)

45世祖蟜极

44世祖帝喾(姬夋/姬夒/姬夔)

43世祖契(一作卨,商部族首领)

42世祖昭明(商部族首领)

41世祖相土(商部族首领)

40世祖昌若(商部族首领)

39世祖曹圉(商部族首领)

38世祖冥(商部族首领)

37世祖王亥(又名振,王恆之兄,商部族首领)

36世祖上甲微(简称微,商部族首领)

35世祖报乙(商部族首领)

34世祖报丙(商部族首领)

33世祖报丁(商部族首领)

32世祖主壬(一作示壬,商部族首领)

31世祖主癸(一作示癸,商部族首领)

30世祖商王成汤(子天乙,又名子履,商朝开国君主,原为商部族首领)

29世祖太子太丁(子丁,又名子以跌)

28世祖商王太甲(子至)

27世祖商王太庚(子辩)

26世祖商王太戊(子伷)

25世祖商王仲丁(子庄)

24世祖商王祖乙(子滕)

23世祖商王祖辛(子旦)

22世祖商王祖丁(子新)

21世祖商王小乙(子敛)

20世祖商王武丁(子昭)

19世祖商王祖甲(子载)

18世祖商王康丁(子嚣)

17世祖商王武乙(子瞿)

16世祖商王文丁(子托)

15世祖商王帝乙(子羡)

14世祖微仲(又称宋微仲,本名子衍,微子启之弟,宋国第二任君主)

13世祖宋公稽(子稽)

12世祖宋丁公(子申)

11世祖宋前湣公(子共)

10世祖弗父何(子何)

9世祖宋父周(子周)

8世祖世子胜(子胜)

7世祖正考父(子正)

6世祖孔父嘉(子嘉)

5世祖木金父(子木)

4世祖(高祖) 祁父(子祁)

3世祖(曾祖) 防叔(子防,孔姓族人称他为“孔防叔”)

2世祖(祖父) 伯夏(子夏)

1世祖(父亲)叔梁纥(子纥,孔姓族人称之为“孔纥”)

孔子(前551年-前479年):汉族,名孔丘,字仲尼,排行老二,春秋末期鲁国陬邑昌平乡(今山东省曲阜市南辛镇)人,中国古代伟大的思想家、教育家,儒家学派创始人,尊称“至圣”“文圣”;编撰了中国第一部编年体史书《春秋》;卒年73岁,葬于曲阜城北泗水之上(即现今孔林所在地);孔子的言行、思想主要载于语录体散文集《论语》及《史记·孔子世家》;他首改“子姓”为“孔姓”,是真正的孔姓始祖

1世孙(儿子)孔鲤

2世孙(孙子)孔伋

3世孙(曾孙)孔白

4世孙(玄孙)孔求

5世孙孔箕

6世孙孔穿

7世孙孔谦(又名孔慎、孔顺)

8世孙孔鲋、孔树、孔腾(汉高祖刘邦封孔腾为奉祀君)

9世孙孔忠(孔腾子)

10世孙孔武(孔忠长子)、孔安国(孔忠次子)

11世孙孔延年(孔武子)

12世孙孔霸(孔延年子),被汉元帝封为褒成侯

13世孙孔福(孔霸长子,被汉成帝封为殷绍嘉侯)、孔捷(孔霸子)、孔喜(孔霸子)、孔光(孔霸子)

14世孙孔房(孔福子,褒成侯)、孔永(孔捷子)、孔放(孔光子)

15世孙孔均(原名孔莽,孔房子),褒成侯

16世孙孔志,褒成侯

17世孙孔损,褒亭侯

18世孙孔曜,奉圣亭侯

19世孙孔完(孔曜长子,褒成侯,无子)、孔赞(孔曜次子)

20世孙孔羡(孔赞子),宗圣侯

21世孙孔震,奉圣亭侯

22世孙孔嶷,奉圣亭侯

23世孙孔抚,奉圣亭侯

24世孙孔懿,奉圣亭侯

25世孙孔鲜,奉圣亭侯

26世孙孔乘,崇圣大夫

27世孙孔灵珍,崇圣侯

28世孙孔文泰,崇圣侯

29世孙孔渠,崇圣侯

30世孙孔长孙,恭圣侯

31世孙孔嗣悊(孔长孙次子、孔英悊之弟),绍圣侯

32世孙孔德伦,褒圣侯

33世孙孔崇基,褒圣侯

34世孙孔璲之,褒圣侯、文宣王兼兖州长史

35世孙孔萱,文宣公

36世孙孔齐卿,文宣公

37世孙孔惟晊,文宣公

38世孙孔策,文宣公

39世孙孔振,文宣公

40世孙孔昭俭,文宣公

41世孙孔光嗣,泗水主簿

42世孙孔仁玉,文宣公兼曲阜县令

43世孙孔宜,文宣公兼曲阜主簿、赞善大夫

44世孙孔延世(孔延泽之兄),文宣公兼曲阜县令

45世孙孔圣祐:文宣公兼知县事,无子

45世孙衍圣公孔宗愿(孔延泽子、孔圣祐从弟)

46世孙衍圣公孔若虚(孔宗愿次子)、孔若愚(孔宗愿第三子)、孔若蒙(孔宗愿长子)

47世孙衍圣公孔端立(孔若愚子)、孔端操(孔若蒙次子)、孔端友(孔若蒙长子,南宗)

48世孙衍圣公孔琥(孔端立子)、孔璠(孔端操次子)、孔玠(孔端操第四子,南宗)

49世孙衍圣公孔拂(孔琥子)、孔摠(又名孔詌,孔璠次子)、孔搢(孔玠子)、孔拯(孔璠长子)

50世孙衍圣公孔元用(孔拂长子)、孔元孝(孔拂次子)、孔文远(孔搢子,南宗)、孔元措(孔摠长子)、孔元紘(一作孔元綋,孔摠次子)

51世孙衍圣公孔之厚(孔元孝子)、孔之全(孔元用子)、孔万春(孔文远子)、孔之固(孔元紘子)

52世孙衍圣公孔浣(孔之厚子)、孔治(孔之全子)、孔浈(孔之固子)、孔洙(孔万春子,南宗)

53世孙衍圣公孔思晦(孔浣子)、孔思诚(孔治子)、孔思许(孔津子,孔之言孙,孔仁玉的第11世孙,南宗)

54世孙衍圣公孔克坚(孔思晦子)、孔克忠(孔思俊子,孔洙孙,南宗)

55世孙衍圣公孔希学(孔克坚子)、孔希路(孔克忠子,南宗)

56世孙衍圣公孔讷(孔希学子)、孔议(孔希路子,南宗)

57世孙衍圣公孔公鑒(孔讷子)、孔公诚(孔议子,南宗)

58世孙衍圣公孔彦缙(孔公鑒子)、孔彦绳(孔公诚子,南宗)

59世孙衍圣公孔承庆(孔彦缙子)、孔承美(孔彦绳子,南宗)

60世孙衍圣公孔宏绪(孔承庆长子)、孔宏泰(孔承庆次子)、孔弘章(孔承美子,南宗)

61世孙衍圣公孔闻韶(孔宏绪子)、孔闻音(孔弘章子,南宗)

62世孙衍圣公孔贞乾(孔闻韶长子)、孔贞宁(孔闻韶次子、孔尚坦之父)、孔贞运(孔闻音子,南宗)

63世孙衍圣公孔尚贤(孔贞乾子,生有二子:孔胤椿、孔胤桂,皆无子而早夭)、孔尚乾(孔贞运子,南宗)

64世孙衍圣公孔衍植(原名孔胤植,孔尚坦子)、孔衍桢(孔尚乾子,南宗)

65世孙衍圣公孔兴燮(孔衍植子)、孔兴燫(孔衍桢子,南宗)

66世孙衍圣公孔毓圻(孔兴燮子)、孔毓垣(孔兴燫子,南宗)

67世孙衍圣公孔传铎(孔毓圻长子)、孔传锦(孔毓垣子,南宗)

68世孙衍圣公孔继濩(孔传铎子)、孔继涛(孔传锦子,南宗)

69世孙衍圣公孔广棨(孔继濩子)、孔广杓(孔继涛子,南宗)

70世孙衍圣公孔昭焕(孔广棨子)、孔昭烜(孔广杓子,南宗)

71世孙衍圣公孔宪培(孔昭焕长子,孔宪增之兄,无子)、孔宪坤(孔昭烜子,南宗)

72世孙衍圣公孔庆镕(孔宪增子,过继给孔宪培,1794年袭爵)、孔庆仪(孔宪型子,孔传锦的第5世孙,南宗)

73世孙衍圣公孔繁灏(孔庆镕子)、孔繁嘉、孔繁豪(孔繁英之兄,无子,南宗)

74世孙衍圣公孔祥珂(孔繁灏子)、孔祥壮、孔祥楷(孔繁英长子,过继给孔繁豪,南宗、大成至圣先师南宗奉祀官)

75世孙衍圣公孔令贻(孔祥珂子,字谷孙):1877年(光绪三年,5岁)承袭衍圣公,1919年11月8日病逝于北京太僕寺街衍圣公府

76世孙衍圣公孔德成(1920-2008):孔令贻子;母王氏夫人;出生百日,奉徐世昌大总统令,承袭衍圣公爵位;1935年,国民政府改其封号为“大成至圣先师奉祀官”;1936年,娶前清名宦孙家鼐的孙女孙琪芳为妻;1949年国民党政府退守台湾,孔德成随迁往台湾,复建台北家庙,历任大成至圣先师奉祀官、“考试院院长”、“总统府资政”,兼任台湾大学中文系教授,开设商周青铜彝器、三礼综合研究、金文等课程;2008年10月28日上午10点50分在台北慈济医院台北分院因心肺功能衰竭,安详辞世,享年89岁;长女:孔维鄂;子:孔维益、孔维宁;长孙:孔垂长

77世孙孔维益:孔德成子,早卒,未袭封

78世孙大成至圣先师奉祀官孔垂长:孔维益子,2009年9月25日正式袭封大成至圣先师奉祀官,享特任官待遇

79世孙孔佑仁:孔垂长子,2006年元旦,生于台湾

79世之后的辈分字:钦,绍,念,显,扬,建,道,敦,安,定,懋,修,肈,彝,常,裕,文,焕,景,瑞,永,锡,世,绪,昌

(参见：通天家谱)

孔氏历代修谱都非常严格，明朝天启年间修谱规定义子不能入谱，违者重究。清康熙时修谱，规定更加详细：

一，凡不孝、不悌、犯义、僧道、邪巫、优卒、贱役等，都被认为是

“辱祖玷宗，丧名败节，皆不準入谱”；

二，因修谱都是集资，所以规定族人每丁交银八分，违者不準入谱；

三，孔氏子孙不仅行辈字有一定规定，即使用字亦随行辈而定，不準乱用。

修谱时，如有不依规定乱取用者，必须改正，否则不得入谱。乾隆甲子修谱除继承康熙时的规定外，又提出凡“养异姓为子、赘婿冒姓、子随母嫁携来同居”者，亦不得入谱。对以上各方面，不仅各户头要认真作保证，而且还发动族人知情者履行检举之责。

在孔氏宗族中，除大宗主衍圣公主持纂修的全谱外，各户、各支派还有自己纂修的小谱或支谱。这些谱牒各具特色，保存了大量珍贵的历史资料。比如，《林前户支谱》记载了从汉至清历代皇帝对孔氏优免赋役的敕文，并收入嘉庆年间立于孔庙毓粹门下的蠲免碑文。《大宗支谱》则收入了更为详细的资料，在人名之下不仅载有字号、功名官职，还有妻妾娶自何家、其子娶何家之女、其女嫁与何家之男等内容。由于支谱所刊印数量较少，留存下来的仅有八部，它们是：《东家小谱》、《嫡系小谱》、《续修支谱》二种，《大宗支谱》二种，《林前户支谱》、《林前户重修孔子世家谱》。

凡是流寓外地的孔氏族人纂修的支谱，必须获得衍圣公的批准，加盖衍圣公府大印后才能成立。各级官府主要根据衍圣公府钤印的有无，来判断内孔与外孔，决定是否给予优免差徭及有别于齐民的特权。

一般说来，作为圣裔的孔氏宗族常常自称“内孔”或“真孔”，而把同姓不同宗的孔氏称为“外孔”或“伪孔”。这里的里外、真伪，是以圣脉的流传作为对照的。

圣裔们所强调区别的“外孔”，其情况大致有二：

一是与圣裔同姓不同宗的孔氏。如本书第一章中所述，在古代，也有几支孔姓并非出于子姓之后，在孔父嘉至孔子一系后世的繁衍、扩大的同时，这些“圣裔”之外的孔姓渐渐湮没无闻，也无世系资料存世，然而这为数不多非圣裔的孔氏有时会想方设法混进圣裔中去，以图享受到朝廷对孔子后裔的优厚待遇。正是“累朝优礼”、“与常人异”的待遇，在孔氏宗族史上引起了大量伪孔冒宗的现象，在曲阜县之外的其他州县，时有和孔子后裔并非一脉的外孔假冒“圣裔”，以期得以优免地方差徭，这种情况每朝每代都有发生。而在曲阜，由于管理严格，冒宗易于识别，这种情况极为罕见。

一是出于衍圣公府的奴僕孔末所传的后代。据载，孔仁玉的后裔在北宋时期传至五十三代而分为“孔氏五位”的同时，洒扫户孔末的子孙也已立为“五院”，分布在曲阜的小薛社、张阳社、西隅社、东忠社、西忠社。到清代，这些所谓“仆随主姓”的外孔，又发展到曲阜之外的邹城等地。既然同属一姓，又并非同脉，为了明确主僕、圣裔庶民之区别，以衍圣公府为代表的孔氏宗族“不準其随钦赐行辈取名，以免混乱”。外孔如冒宗续谱，则要因“冒宗谱，滥邀恩崇”而获罪。

孔府档案属于私家档案，由于历代帝王对孔子后裔逐步封官加爵，官至一品，因此，孔府与皇帝关係逐渐密切，上下行文接连不断，全国各州府衙亦相继行文接洽关係。而用于孔府祭祀孔子的祀田达三十六万亩，分布在五省数百个县，因此县级政府与孔府间的关係亦非常多，再加上土地纠纷处理，更是文案複杂。孔府是一品官的衍圣公府，府内除三大公堂外，还有十大厅办事机构，各机构都有日常的工作档案，再加上祭林庙的各种帐册、府内生活的规定及帐册等，因此，资料极为丰富。

孔府档案以其历史长、数量多、内涵丰富而成为中国着名的私家档案。由于战乱孔府档案过去曾有损失，现存档案记录了孔府从明代嘉靖十三年（1534年）至1948年8月400余年的政治、经济、文化、思想、宗族等方面的情况，是研究历代衍圣公府的重要资料，也是研究中国封建社会的珍贵原始资料，具有很高的历史价值，孔府档案也为中国文献档案学提供了一个特有的典型範例，在档案史上占有重要的地位。

档案的保存原来较为分散，孔府凡属于上下及各州府县行文均保存在掌书厅书房内，由典籍官掌管，地亩册、契约、收租册，均保存在册房内；婚丧嫁娶及林庙祭祀酒席帐、祭品帐均保存在司房内；内务日常开支、工资帐和来往宾客帐均保存在帐房庶务室内；呈稟号簿、收文簿、发文簿、送文簿均保存在启事厅承启处内。以下族长衙门、百户衙门、管勾衙门、礼学、乐学、古乐传习所等，各厅房均有零星档案。1948年8月古物保管所成立后，把这些零星档案均收归书房保存。

1956年春，国家文物局局长王冶秋同志来曲阜检查文物保护工作时，发现了这批历史文物档案。回京后，派专家故宫博物院副院长单士元专门整理档案，故宫博物院保管部主任李鸿庆专门整理文物。把文物分成33大类，以后由文管会继续整理；把档案分存后五间房，单独列项，专库保管，以便以后整理。1956年 8月开始，国家文物局委託国家档案馆，派南京档案史料整理处（现中国第二历史档案馆）专家常住曲阜进行分类整理，由金佳任组长，成员有郭鹏、丁家襄，参加整理的还有南京装裱工程先道。第一次整理工作截止于1958年9月。1959年夏季至国庆节，孔府进行复原陈列，将档案由后五间迁移至东大楼下保管，并批拨50方香樟木製成档案箱保护。1960年春中央委员国家档案局局长曾三同志来曲阜检查档案工作，指示：“要片纸不丢，只字不损，把档案保护下来。”从此又加强人力糊耳装订，至1966年8月“文化大革命”停止。1972年夏季又开始裱糊装订，建新帐登册，至1987年已编至9200余卷号。以后继续整理裱糊装订，现在还有部分残破卷页没有整理。

按照南京档案馆协助整理的分类，共分八个阶段（解放前孔府档案分类是按天、地、玄、黄、宇、宙、洪、荒），这八个阶段时：明代、清代、民国、北洋军阀、国民党、敌伪时期、1946年解放、解放战争时期，始于嘉靖十三年，止于1948年8月。

每一阶段又各有分类，多寡不同，清代最多。每个阶段分类是：袭封、祀典、先贤、宗族、家谱、属员、庙庭官员、府内官员、学录、庶务、租税、林庙管理、徭役、刑讼、宫廷灾异、财务、文书等。

孔府档案内容非常丰富，涉及中国封建社会的各个方面。

宫廷政治方面的资料，记载了封建王朝登基、建储、巡幸、崩逝、柑庙配天、庆典朝贺等皇室大事，以及各种典籍制度。形式有奏摺、京报、邸抄、公文簿册等。

祀典方面的资料，记载皇帝驾幸阙里，御祭孔子，赐给供器、匾联，遣官祭祀等。

袭封方面资料，记载孔氏子孙袭爵受封，设定孔氏职官以及家学、庙学职官、奉祀各先贤等。

宗族方面的资料，记载孔氏宗族支谱宗法族规、家庭事务，优免孔氏杂差徭役赋税等。

另外还有林庙管理、庄务管理、府务管理等。

孔氏家族，作为“天下第一家”，是由同一始祖孔子繁衍下来的一个庞大家族。其中，衍圣公是孔子的嫡系后裔，世袭公爵，在家族中是大宗；其余旁系等则为小宗。

随着孔子后裔的不断繁衍，为数益众。为便于管理，在孔氏家族内部建立起了一整套组织系统。最初曾分为“五位”，后又分为“十二派”，到明清两代，发展到高峰时期，又增为60户。每户设有户头户举一至三人。清代嘉庆十年（公元1805年）《六十户户头户举点名清册》中一一列举了60户的名称，诸如：大宗户、道沟户、终吉户、栗园户、泗北户……等等。

这60户孔氏家族各设族长一人，负责管理全部孔氏族人，另设林庙举事一人辅佐族长。族长是由衍圣公在孔氏族人中检选的，在家族中德高望重，辈长年高。孔氏族人把族长的办事处叫做“族长衙门”，“族长衙门”和“知县衙门”、“百户衙门”、“管勾衙门”合称“孔府四衙门”。60户的户头户举则是“每户族众表率，必得老成持重，心地明白，衣冠整齐，为本户所钦服者，始克充选。”

曲阜的孔氏家族自分为60户以来，至清乾隆九年（公元1744年）修谱时，仅在谱的人数就多达2万多人，每户约有数百人不等，人数多的达千人以上，只有极少数户为数十人。孔府还要给族长约十大亩土地作为养赡，户头户举也拨给二、三大亩作为养赡，外地的户头户举则“各赐衣巾，赏给札付”。

孔子的家乡在曲阜，对于所有迁居外地的孔氏族人，均称做“流寓户”。孔氏的流寓户经过多年来的迁徙，已遍及全国，他们分布于山东、河南、浙江、江西、四川、江苏、广西、福建、河北、安徽、岭南、湖南、山西、甘肃、吉林、青海、陕西、黑龙江、云南、贵州、湖北等20余省。这些流寓户在异地一般都是聚族而居。

孔氏家族还有一条规定，就是不準随意取名，要严格按照皇帝赐给的行辈取名。孔府曾专门颁布过《孔氏行辈告示》：“立行辈所以分尊卑，定表字所以别长幼。迩来我族人满数万丁，居连数百里。岂唯目不能偏识，而且耳不能遍闻。若无行辈则昭穆易紊，无表字则称谓不论。在前业经奉旨更定。今依所定吉字开列于后，凡我族人俱当遵照后开行辈，取名训字。有不钦依世次随意妄呼者，不準入谱。”

明洪武年间定十字（自五十六代至六十五代），用作孔姓行辈：

希（士）、言（伯）、公（文）、彦（朝）、 承（永）、

宏（以）、闻（质）、贞（用）、 尚（之）、衍（茂）。

清乾隆五年（公元1740年）二月十七日定十字（自六十六代至七十五代）：

兴（起）、毓（钟）、传（振）、继（体）、 广（京）、

昭（显）、宪（法）、庆（泽）、 繁（羽）、祥（瑞）。

清道光十九年（公元1839年）定十字（自七十六代至八十五代）：

令、德、维、垂、佑，钦、绍、念、显、扬。

后来，孔子七十六代孙、衍圣公孔令贻，报当时的北洋政府批准，又续了二十字：

建、道、敦、安、定，懋、修、肇、彝、常，

裕、文、焕、景、瑞，永、锡、世、绪、昌。

这二十个字，定下了孔子第八十六代孙至一百零五代孙的行辈。其用心可谓久远矣。

在孔氏宗族史上，非圣裔的孔氏，希图优免地方差徭，享受特权，常常想方设法混入圣裔，引发多起伪孔冒宗现象。五代残唐时期发生的“孔末之乱”就是最严重的一次。孔末原是孔府的洒扫户，仆随主姓而姓孔，兵荒马乱之中，“承五季之扰，杀圣人子孙几尽”，年仅9个月的孔子四十三代孙孔仁玉，在外祖母的拼力救护下，得以生还，直至后唐长兴三年（公元932年），明宗重新加封孔仁玉“文宣公”，才使断了宗的孔子世家得以中兴。孔仁玉被尊称为“中兴祖”。自此，孔仁玉的后裔称为内孔，而孔末之后称为外孔，两者并非同祖同宗，其后代永为世仇。

孔氏宗族还有南宗、北宗之分。此事始于南宗建炎二年（公元1128年），由于宋、金连年作战，中原被金人占据，南宋迁都临安。当时的孔子四十八代孙、衍圣公孔端友率部分族人随皇帝高宗南渡，定居于浙江衢州，继续袭封衍圣公，是为南宗。与此同时，伪齐刘豫政权封端友弟端操的次子孔璠为衍圣公；孔璠三子孔（左扌右思）的儿子孔元措又被金人封为衍圣公，从而出现了南北两地的孔氏子孙，分别在三个敌对的朝廷任职的情况。元统一中国后，世祖至元十九年（公元1282年），南宗孔子五十三代孙、衍圣公孔洙以“曲阜子孙守护先茔有功于祖”为由，让爵位于曲阜（北宗）的孔氏，受到朝廷的嘉许，并为此做了一系列工作，明确要求南宗的孔氏子孙必须严格遵守官订家规，如有起而争论者，将会制以“不忠不孝”的重罪。从此结束了南北两宗并存的局面。

为了把居住分散、血缘亲疏的孔氏族人组成一体，进而达到“详世系、联疏亲、厚伦谊、严冒紊、序昭穆、备遗忘”的目的，孔氏家族非常重视纂修家谱，并为此规定了严格的家谱条规，违者将被除籍。因此，孔氏家族的家谱在中国历史上延续时间最长、包罗内容最丰富，堪称私谱之冠。

宋以前的孔氏家谱只收录直系长子长孙，北宋始合族修谱，支庶兼采，历经元、明、清和民国，沿修不辍。明代天启二年（公元1622年）大修谱时，将家谱由“笔抄”改为“刊印”，并规定每60年的甲子年一大修，每30年的甲午年一小修。孔氏家谱的最后一次大修是在民国二十六年（1937年）完成的。

修谱时，孔府要先行条规、榜示，制定统一格册和修谱誓词，建立严密的组织机构，并选择吉日举行仪式。入谱手续和考察十分细密，格册装订考究。谱成后还要举行告祭仪式，宴犒有功人员等。除合谱外，流寓外地的孔氏族人所修的支谱必须获得孔府的批准，严防外孔的滥入。

孔姓在自孔子之后的两千多年里，族属繁衍日众，遍及全国各州府县。为了使族属代代不乱，长幼有序，老少尊卑各有条理，孔氏宗族逐渐形成了一套严格的规範条例。

在明代以前，孔氏后裔没有固定的行辈，那时人数尚少，各家取名很随意。从四十五代起，已注意订定行辈，但还不严格，同辈人多採用同一偏旁或同一字作行辈字。明代初年，太祖朱元璋先后赐给孔氏十字作为行辈字，从五十六代起排，此后孔氏族人不準随便取名。衍圣公府还专门颁布了《孔氏行辈告示》：“……今依所定吉字开列于后，凡我族人俱当遵照所开列行辈，取名训字。有不钦依世次随意妄呼者，不準入谱。”明崇祯年间，六十五代衍圣公孔胤植报请皇帝，又立十字十辈。清同治年间，七十五代衍圣公孔祥珂经皇帝核准，又立十字十辈。1919年，七十六代衍圣公孔令贻由中华民国内务部备案续立二十字二十辈。以上几次订定的行辈字计五十字五十辈，为五十六代到一百零五代，依次为：

希言公彦承弘（宏）闻贞尚胤（衍）

兴毓传继广 昭宪庆繁祥

令德维垂佑 钦绍念显扬

建道敦安定 懋修肇彝常

裕文焕景瑞 永锡世绪昌

以上第六十五代本为“胤”字，衍圣公孔胤植为避皇帝庙讳，而将“胤”字改为“衍”字。

到20世纪90年代，曲阜当地的孔氏已传至八十代“佑”字辈，以下尚有25字可续。

曲阜衍圣公府的历代衍圣公，是孔子嫡系后裔中的长子长孙，长子是诸兄弟中的老大，往往是长子已经结婚生子，而幼子却是年龄很小的孩童，长此以往，同辈之间的年龄距离越拉越远。从孔子算起到20世纪40年代，二千余年中，在曲阜的孔氏族人上下已相差到12代之多，当时辈份最大的是六十六代的“兴”字辈，最小的是孔子嫡裔孔德成之子孔维益，为七十八代。到90年代，在曲阜孔氏族人中上下相差11代，最大的是六十九代的“继”字辈，最小的是八十代的“佑”字辈。因此，孔姓中人见面，有时不好称呼，因为按孔氏家规规定，同姓同宗不能乱称，晚辈见到长辈一定要按辈份来称呼。衍圣公府里面不用孔姓为佣人，主要的原因就是衍圣公往往比大多数同里同宗穷人辈份要低几辈，面对面时虽是主僕关係，但依家规又应按辈份称呼，彼此都易尴尬。但实际上，由于衍圣公府里做活待遇高，可以养家餬口，一些孔姓贫穷人家便改名换姓进府为奴，改姓一般是改成母姓。