正在追捕持枪袭击宝石店强盗二人组的浅轮直树，现在是涉谷中央署的刑事课主任。突然，奔跑的直树面前出现了一个年轻男子，两人撞到在地，男子羡慕地看着直树，向他介绍说自己是新宿中央署的新藤亮，并和直树一起开始追捕犯人。
    看见犯人逃进了一处购物街的直树，向着那边缓缓接近着。一位偶然来到购物街的男客人，远远地注意着想要在不波及到普通客人情况下抓捕犯人的直树。不出一会儿，在那位男人的帮助下，直树成功抓捕到了抢劫犯。当直树为此表示感谢时，那位男人留下“应该保护的是弱者。这是基本吧”这样一句莫名其妙的话便离开了。
    第二天，正在和已经成为他妻子的伦子聊天的直树，突然接到了警视厅人事科过来的电话，让他直接到警视总监办公室。到警视总监办公室后直树被告知，警视厅将组建一支从初步调查到检查工作都全权负责不被束缚的独立小组——“特别调查组”。在见到被任命的组长宗方朔太郎时，直树吃了一惊。原来这位宗方就是昨天在购物街逮捕强盗时立下大功的男人。宗方似乎就是因为看到直树的行动，才指名要他加入的。
    立即被派往特搜班办公室的，还只有宗方和直树二人。不仅如此，宗方还因为“育儿优先”，扔下直树一个人就回去了。被宗方要求召集特搜班成员的直树，立马就跟小宫山志保取得了联繫，却被她以“没法好好乾了吧？”的理由拒绝了，而村濑也没有接他的电话。只有矢泽一个人接到了他的讯息，还在矢泽那里得知了青柳辞职的事。直树和矢泽决定一同前去找青柳谈话，却只得到了青柳“即使回去了也只是在重複一样的事情而已吧？”的回覆。可能是因为觉得直树太可怜，矢泽向他承诺了自己会加入特搜班。
    就在此时，从东中野署的村濑那里发来了特搜班的出动请求。事件发生在绳文陶器的发掘现场，在现场发现了大学讲师野村美穗的尸体。因为旁边掉落了一个疑似含有氰酸性毒物的瓶子，警视厅搜查一课判断为服毒自杀，就将后续处理交给了村濑，但村濑似乎不能认同这个看法。
    到达现场的直树观察了现场的情况，同样对自杀的判断抱有疑问，并请真澄对死者进行解剖。在现场，真澄还叫来了志保一起参与。到最后，志保和村濑还是变成了特搜班的应援，直树和矢泽一起进行着精湛的团队合作调查。此外，宗方虽然并没有很积极地参与行动，却也接触到了案件的核心。从此开始，直树和其他人逐渐向警察组织的黑暗面接近。

　　发现了身着婚纱的女性遗体。直树与其他人到达现场之后，新藤出现了，还和他们打招呼说从今天开始将会成为特搜班的一员。把困惑的直树他们先放在一边，新藤根据在现场发现的安眠药瓶和药片，做出了是否为自杀的推理。
    通过失蹤者报告，大家弄清了死者的身份为酒店礼宾员斋藤真希。在发现遗体的当天，真希与同酒店前台工作人员武村茂明举行了结婚仪式。同时，据武村说，在结婚仪式的前一天，真希为了準备婚礼而一个人住在了酒店里。
    直树他们确认了监控摄像头所拍摄的影像，却一无所获。真希是如何去到遗体的发现地点的呢。在这其中，又调查出了一件事——真希在怀疑着武村与观光文化厅局长之女的关係，这也可能是她自杀的动机。
    另一方面，青柳和矢泽在酒店里突然遇上了宗方。宗方说，在武村和真希的婚礼座次表上发现了可疑的地方。
    就在这时，从真澄的尸检报告中得出了真希很有可能是在不自然的条件下冻死的结论。这样一来，就有可能是他杀。抱着对岛泽观光文化厅长官和酒店之间关係的怀疑，志保和村濑展开了调查。与此同时，直树他们还从关係者的问询中，注意到了有一段空白的时间。

　　因与自然和谐相处的设计理念而拥有高人气的建筑家森田亚纪子，在工作室被发现刺杀身亡。根据第一发现者·助手北原里香的说法，亚纪子参加了某个小镇的设计比赛，而设计模型则被某个人给破坏了。后得知，以近未来风格设计而闻名的建筑家大屋源治也参加了那个比赛。
    青柳和矢泽前往了那位建筑家大屋的家中。志保和村濑则选择了去举行比赛的不动产公司主管中冈孝、江波太门那里进行查访。
    另一方面，直树从真澄那里得知，根据被害者伤口的形状判断，兇器为工作用美工刀的可能性非常高。
    在这之后的调查发现，大屋的鞋子和现场残留的脚印是一致的。直树他们以非法入室的嫌疑对大屋的家宅进行搜查。新藤发现了在一旁担心地看着的大屋妻子千鹤有可疑举动，开始单独跟蹤，从而发现了令人意外的事实。
    进一步，志保他们听到了这次的比赛是被内部操作的说法之后，重新对关係者进行了调查，这次他们是否能到达新的真相之中。

　　从自由作家三好加奈子的自家床下发现了一具已经白骨化的遗体，直树他们立即赶往现场。到现场后得知加奈子正在对自家进行改造，遗体的发现者正是翻新工作的承包商村田肇等人。根据监识课的猪狩判断，遗体为男性，距离死亡时间应已在五年以上。
    加奈子的母亲已在一年前亡故，父亲则住在集体康复之家里，她现在处于独居状态。然而在听到加奈子的父亲泰三名字之时，猪狩吃了一惊。原来，泰三和猪狩过去在同一个管辖警署里，是原警视厅交通机动队的副队长。
    直树和猪狩一起去探访了住在集体康复之家的泰三，但泰三却因为老年痴呆症，不仅完全想不起来猪狩，还总是在和亡妻的幻影对话。话虽如此，在告知他翻新工程中发现了白骨遗体的瞬间，不知为何，他突然大喊“不能翻新”并激烈地挣扎反抗起来。
    根据法医真澄的鉴定结果，白骨遗体为殴打致死。志保、村濑、青柳、矢泽以和遗体被一起发现的遗留物为方向，开始对死者的身份展开调查。
    调查发现，加奈子的家在七年前，曾经来过一支白蚁清除队。直树和新藤在对清除队进行调查的时候，发现了令人意外的事实。
    正当这时，泰三突然把猪狩叫了过去。和之前不同，变得清醒的泰三暂时恢复了记忆，在猪狩和宗方班长的面前，向他们坦白：“人是我杀的”。

　　知名人偶师三桥凉子被殴打致死的尸体在她自宅的工作室里被发现了。第一发现者是在附近打棒球的小学生柴田启太，他因寻找棒球而进入了工作室，偶然间发现了遗体。这之后，听刚巧到这里来拜访的儿童俱乐部指导员酒井菜菜子说，被杀害的凉子在附近是出了名的讨厌小孩，平时对孩子们非常严厉，收到了家长们投诉的菜菜子便定期去凉子家中拜访。
    到达现场的直树，开始在意起了遗体手掌上残留的谜之压痕。法医真澄诊断说应该是死前用力握住什幺东西造成的痕迹，但现场的人偶製作道具中没有一个与之吻合。
    开始着手调查的直树和新藤查出，在事件发生一周前，凉子和某个人偶然地再会了。对象为国小教师西川大吾，他在儿时，曾被凉子委託做过五月人形的模特。
    此外还发现，在14年前，和凉子同为人偶师的丈夫贵志因从公园台阶上摔落而去世了。志保和村濑通过调查分析，发现他有可能是被谁给推下去的。甚至还发现，当年事故的目击者正是菜菜子。
    贵志因事故去世是在14年前，大吾成为人偶的模特也是在14年前。直树被这个奇妙的巧合所吸引，拜託监识课员佐久间朗去调查一下凉子夫妇以大吾为模特製作的那个五月人形“子供大将”。随之，意外的真相浮出水面。