最初三区桥樑管理局（即三区桥樑暨隧道管理局的前身）的局长罗伯特·莫斯屡次尝试着将兴建隧道的提案改为在同址以兴建桥樑替代，虽然许多人反对兴建桥樑，因为担心桥樑的兴建会破坏曼哈顿下城城市天际线的景致，而且炮台公园也会因为桥樑连络交流道庞大的占地面积，而被缩减成极小的大小，以及也会需要摧毁当初位于柯林顿堡（Clinton Castle）的纽约水族馆。最后是由美国总统富兰克林·D·罗斯福经由军事国防管道下达一道命令，以在该址兴建桥樑会对布鲁克林海军码头（Brooklyn Navy Yard）通往外海造成阻碍并对国家安全构成危险为由，最后才得以恢复隧道的工程。然而这个理由实际上并不成立，因为在当时曼哈顿大桥与布鲁克林大桥早已位于布鲁克林海军码头与纽约外海之间。

隧道的设计者为欧雷·辛史塔得（Ole Singstad）并在1940年10月开始兴建，然而在兴建的途中因为二次世界大战的爆发而暂止工程。二战结束之后莫斯所管的三区桥樑管理局与纽约隧道管理局（The Tunnel Authority）合併成为三区桥樑暨隧道管理局，而布鲁克林-炮台公园隧道的兴建工程也被三区桥樑暨隧道管理局所接管，而兴建工程亦在1945年底恢复，并在1950年完工通车。

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