药用部分胡黄连，善除湿热，故主久痢成疳及冷热泄痢，厚肠胃。伤寒咳嗽者，邪热在手太阴、足阳明也。温疟骨蒸者，热在骨间也。理腰肾、去阴汗者，肾虚湿热下流客之，使热伏肾间也。小儿惊痫、寒热、不下食者，热则生风，故发惊痫，热在胃口，故不下食也。心主五色，脾胃主肌肉，二经湿热去，则颜色自佳也。

本品与知母、青蒿、地骨皮、银柴胡、秦艽、鳖甲等配伍，可治阴虚发热，午后潮热;与黄连、芦荟等同用，可治小儿疳热等症。

本品性寒，入心肝二经血分，有退虚热，除骨蒸，凉血清热之功。治阴虚劳热骨蒸，常与银柴胡、地骨皮等同用，如清骨散(《证治准绳》)。

本品既能除小儿疳热，又能清退虚热，故可用于小儿疳积发热，消化不良，腹胀体瘦，低热不退等症，常与党参、白术、山楂等同用，如肥儿丸。

胡黄连与黄连，名称相似且均为苦寒清热燥湿之品，善除胃肠湿热，同为治湿热泻痢之良药。然胡黄连善退虚热、除疳热;而黄连则善清心火、泻胃火，为解毒要药。